Các trường hợp được hoàn thuế gtgt hàng nhập khẩu đóng vai trò quan trọng trong việc hỗ trợ doanh nghiệp giảm gánh nặng tài chính, đặc biệt với các hoạt động xuất nhập khẩu ngày càng sôi động tại Việt Nam. Quy định này không chỉ giúp tối ưu hóa dòng tiền mà còn khuyến khích đầu tư sản xuất, góp phần thúc đẩy kinh tế quốc gia. Cùng Công ty kế toán ACC khám phá chi tiết qua bài viết dưới đây.

1. Các trường hợp được hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu

Việc hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu hiện nay được điều chỉnh chủ yếu bởi Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024, Nghị định 181/2025/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính. Các quy định này được xây dựng theo hướng siết chặt điều kiện hoàn thuế, bảo đảm hoàn thuế đúng bản chất của thuế GTGT là thuế đánh trên giá trị gia tăng phát sinh trong quá trình sản xuất, lưu thông tại Việt Nam. Do đó, không phải mọi trường hợp hàng hóa nhập khẩu phát sinh thuế GTGT đầu vào đều được hoàn, mà chỉ những trường hợp đáp ứng đúng mục tiêu chính sách mới được xem xét.

Nguyên tắc cốt lõi khi xem xét hoàn thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu là mối liên hệ giữa hàng hóa nhập khẩu và hoạt động tạo ra hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu được sử dụng làm nguyên liệu, vật tư cho hoạt động sản xuất, gia công hoặc chế biến hàng xuất khẩu thì thuế GTGT đầu vào phát sinh tại khâu nhập khẩu được coi là thuế đầu vào của hoạt động xuất khẩu. Khi đó, nếu đáp ứng các điều kiện chung về hoàn thuế, khoản thuế này có thể được hoàn. Ngược lại, nếu hàng hóa nhập khẩu không trải qua quá trình sử dụng tạo ra giá trị gia tăng tại Việt Nam thì nguyên tắc hoàn thuế không được đặt ra.

• Trường hợp hàng nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu được hoàn thuế

Theo điểm b khoản 1 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư để sản xuất hoặc gia công hàng xuất khẩu không bị coi là hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu. Điều này đồng nghĩa với việc thuế GTGT đầu vào của các nguyên liệu, vật tư này vẫn thuộc phạm vi được khấu trừ và hoàn thuế nếu thỏa mãn điều kiện về số thuế chưa được khấu trừ hết và điều kiện về hồ sơ. Quy định này thể hiện rõ chủ trương khuyến khích hoạt động sản xuất, gia công xuất khẩu thực chất, có tạo ra giá trị gia tăng trong nước.

• Trường hợp hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn thuế GTGT

Khoản 1 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP đã chính thức loại trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác ra khỏi phạm vi hoàn thuế GTGT. Hàng hóa thuộc trường hợp này được hiểu là hàng hóa do doanh nghiệp nhập khẩu từ nước ngoài vào Việt Nam rồi trực tiếp xuất khẩu hoặc ủy thác xuất khẩu, không có hoạt động sản xuất, gia công làm phát sinh giá trị gia tăng tại Việt Nam. Nội dung này đã được cơ quan thuế địa phương hướng dẫn thống nhất tại Công văn 1858/QTR-QLDN2 năm 2025, theo đó kể từ ngày 01/7/2025, thuế GTGT đầu vào của hàng nhập khẩu rồi xuất khẩu nguyên trạng không được hoàn, kể cả khi hàng hóa đáp ứng điều kiện về hợp đồng xuất khẩu và thanh toán qua ngân hàng.

2. Điều kiện cụ thể để doanh nghiệp đủ điều kiện hoàn thuế

• Điều kiện về tư cách và thời điểm của người nộp thuế

Theo Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế, doanh nghiệp phải đang thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ kê khai thuế. Doanh nghiệp phải có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong kỳ tính thuế và phát sinh từ hoạt động hợp pháp. Việc xác định thời điểm nộp hồ sơ có ý nghĩa quan trọng, bởi nếu tại thời điểm này doanh nghiệp không còn thuộc đối tượng được hoàn thuế thì hồ sơ sẽ không được tiếp nhận giải quyết.

• Điều kiện về ngưỡng số thuế GTGT đề nghị hoàn

Đối với trường hợp hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, pháp luật quy định ngưỡng tối thiểu là số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ ba trăm triệu đồng trở lên trong kỳ kê khai theo tháng hoặc quý. Ngưỡng này được quy định tại khoản 1 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP nhằm hạn chế việc hoàn thuế đối với các khoản thuế nhỏ lẻ, đồng thời tập trung nguồn lực quản lý vào các trường hợp hoàn thuế có giá trị lớn và rủi ro cao.

• Điều kiện về tính hợp pháp của hoạt động xuất khẩu

Hàng hóa xuất khẩu phải thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% theo Luật Thuế GTGT và có đầy đủ hồ sơ chứng minh như hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan đã thông quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Đối với hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu, doanh nghiệp cần chứng minh rõ quá trình sử dụng hàng hóa tại Việt Nam để tránh bị cơ quan thuế xác định là hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu, trường hợp không được hoàn thuế theo quy định mới.

• Điều kiện về hạch toán, phân bổ thuế GTGT đầu vào

Trường hợp doanh nghiệp trong cùng kỳ vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải thực hiện hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào sử dụng cho từng hoạt động. Nếu không hạch toán riêng được thì phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu theo hướng dẫn tại Thông tư 69/2025/TT-BTC. Việc hạch toán, phân bổ không đúng sẽ dẫn đến việc cơ quan thuế loại trừ số thuế đề nghị hoàn.

• Điều kiện về tuân thủ pháp luật thuế và hóa đơn, chứng từ

Doanh nghiệp phải sử dụng hóa đơn điện tử hợp pháp, truyền đầy đủ dữ liệu hóa đơn đến cơ quan thuế và không thuộc các trường hợp vi phạm nghiêm trọng về hóa đơn, chứng từ theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024. Các hành vi như sử dụng hóa đơn không hợp pháp, tạo lập giao dịch không có thật hoặc thông đồng để chiếm đoạt tiền hoàn thuế là căn cứ để cơ quan thuế từ chối hoàn thuế và xử lý theo quy định của pháp luật.

>> Đọc thêm: Dịch vụ hoàn thuế TNCN nhanh chóng

Xem thêm: Thủ tục hoàn thuế khi mua sắm ở Mỹ chi tiết

3. Hồ sơ cần chuẩn bị cho thủ tục hoàn thuế

Hồ sơ hoàn thuế GTGT được lập trên nguyên tắc phản ánh đầy đủ căn cứ pháp lý phát sinh số thuế đề nghị hoàn và phải phù hợp với từng trường hợp hoàn thuế cụ thể. Theo quy định của Luật Quản lý thuế và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hồ sơ hoàn thuế không chỉ là tập hợp chứng từ hành chính mà còn là cơ sở để cơ quan thuế đánh giá bản chất giao dịch, mục đích sử dụng hàng hóa và tính hợp pháp của số thuế GTGT đầu vào. Vì vậy, việc lập hồ sơ phải bảo đảm tính trung thực, nhất quán và có khả năng giải trình.

• Thành phần hồ sơ hoàn thuế GTGT đối với hàng nhập khẩu

Đối với trường hợp hoàn thuế GTGT có liên quan đến hàng hóa nhập khẩu, hồ sơ phải thể hiện được toàn bộ chuỗi giao dịch từ khâu nhập khẩu đến khâu xuất khẩu hoặc tiêu thụ. Hồ sơ bao gồm giấy đề nghị hoàn thuế GTGT theo mẫu, tờ khai thuế GTGT của kỳ đề nghị hoàn, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào và bán ra. Đồng thời, doanh nghiệp phải nộp kèm tờ khai hải quan nhập khẩu, chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu và các tài liệu chứng minh hàng hóa đã được sử dụng cho hoạt động sản xuất, gia công hoặc chế biến hàng xuất khẩu.

• Hồ sơ chứng minh hoạt động xuất khẩu và điều kiện áp dụng thuế suất 0%

Hoạt động xuất khẩu là căn cứ trực tiếp để phát sinh quyền hoàn thuế GTGT, do đó hồ sơ phải chứng minh rõ hàng hóa thực tế đã được xuất khẩu ra nước ngoài. Các tài liệu cần thiết bao gồm hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan xuất khẩu đã hoàn thành thủ tục thông quan và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng theo quy định của pháp luật về ngoại hối. Trường hợp xuất khẩu theo hình thức ủy thác, hồ sơ cần bổ sung hợp đồng ủy thác và biên bản đối chiếu giữa bên ủy thác và bên nhận ủy thác để xác định đúng chủ thể được hoàn thuế.

• Hồ sơ phân bổ, điều chỉnh thuế GTGT đầu vào

Trong trường hợp doanh nghiệp vừa có hoạt động xuất khẩu vừa có hoạt động tiêu thụ nội địa, hồ sơ hoàn thuế phải kèm theo bảng phân bổ thuế GTGT đầu vào sử dụng chung cho cả hai hoạt động. Việc phân bổ được thực hiện theo tỷ lệ doanh thu theo hướng dẫn tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư 69/2025/TT-BTC. Ngoài ra, nếu có phát sinh điều chỉnh tăng, giảm thuế GTGT đầu vào của các kỳ trước, doanh nghiệp phải lập bảng giải trình riêng để làm rõ nguyên nhân điều chỉnh và ảnh hưởng đến số thuế đề nghị hoàn.

• Yêu cầu về tính thống nhất và lưu trữ hồ sơ

Toàn bộ hồ sơ hoàn thuế phải bảo đảm sự thống nhất giữa dữ liệu kê khai thuế, hóa đơn điện tử, chứng từ kế toán và thông tin trên hệ thống hải quan. Việc thiếu thống nhất hoặc không giải trình được sự chênh lệch là nguyên nhân phổ biến dẫn đến việc hồ sơ bị chuyển sang diện kiểm tra trước khi hoàn. Sau khi hoàn thuế, doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ đầy đủ hồ sơ theo thời hạn luật định để phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế.

4. Quy trình thực hiện hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu

Bước 1: Nộp hồ sơ và tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

Doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo hình thức điện tử hoặc trực tiếp. Tại thời điểm tiếp nhận, cơ quan thuế không xem xét ngay nội dung hoàn thuế mà thực hiện kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ theo quy định của Luật Quản lý thuế. Việc tiếp nhận hồ sơ là cơ sở pháp lý xác định thời điểm bắt đầu tính thời hạn giải quyết hoàn thuế.

Bước 2: Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo mức độ rủi ro

Sau khi tiếp nhận, cơ quan thuế tiến hành phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước hoặc kiểm tra trước khi hoàn thuế. Việc phân loại được thực hiện trên cơ sở đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp, tính chất của hàng hóa xuất khẩu và rủi ro gian lận hoàn thuế. Doanh nghiệp không có quyền lựa chọn hình thức giải quyết mà phải tuân theo kết quả phân loại của cơ quan thuế.

Bước 3: Kiểm tra hồ sơ và xác minh thực tế

Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra chi tiết hồ sơ, đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử, tờ khai hải quan và thông tin kê khai thuế. Trường hợp cần thiết, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở doanh nghiệp hoặc yêu cầu doanh nghiệp cung cấp thêm tài liệu giải trình. Việc kiểm tra tập trung làm rõ bản chất hàng hóa nhập khẩu có thuộc trường hợp được hoàn thuế hay không, đặc biệt là phân biệt với hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu.

Bước 4: Quyết định hoàn thuế hoặc không hoàn thuế

Căn cứ kết quả kiểm tra, cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế hoặc thông báo không hoàn thuế bằng văn bản, trong đó nêu rõ lý do và căn cứ pháp lý. Trường hợp được hoàn, tiền thuế GTGT được chuyển trả vào tài khoản của doanh nghiệp theo thời hạn quy định. Trường hợp không được hoàn, doanh nghiệp có quyền giải trình bổ sung hoặc thực hiện khiếu nại theo trình tự pháp luật.

Bước 5: Kiểm tra và xử lý sau hoàn thuế

Ngay cả sau khi đã được hoàn thuế, doanh nghiệp vẫn có thể bị cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra sau hoàn. Nếu phát hiện việc hoàn thuế không đúng quy định, doanh nghiệp phải hoàn trả số thuế đã nhận và chịu các biện pháp xử lý theo pháp luật thuế. Quy định này nhằm bảo đảm tính răn đe và phòng ngừa hành vi lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT.

5. Câu hỏi thường gặp

Vì sao hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không còn được hoàn thuế GTGT từ ngày 01/7/2025?

Việc không cho hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu xuất phát từ bản chất của thuế GTGT là thuế đánh trên phần giá trị tăng thêm phát sinh trong quá trình sản xuất, lưu thông tại Việt Nam. Trường hợp hàng hóa được nhập khẩu rồi xuất khẩu nguyên trạng không làm phát sinh giá trị gia tăng trong nước, do đó không đáp ứng mục tiêu của cơ chế hoàn thuế.

Hàng nhập khẩu dùng để gia công, sản xuất hàng xuất khẩu có bị loại khỏi diện hoàn thuế không?

Hàng hóa nhập khẩu là nguyên liệu, vật tư để sản xuất hoặc gia công hàng xuất khẩu không bị coi là hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu. Trong trường hợp này, thuế GTGT đầu vào của hàng nhập khẩu vẫn được xác định là thuế đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu và có thể được hoàn nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định.

Doanh nghiệp vừa có xuất khẩu vừa có tiêu thụ nội địa thì việc hoàn thuế được xử lý thế nào?

Khi doanh nghiệp đồng thời phát sinh hoạt động xuất khẩu và tiêu thụ nội địa trong cùng kỳ tính thuế, việc hoàn thuế GTGT không được xác định riêng biệt ngay từ đầu mà phải thực hiện bù trừ. Theo quy định tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư 69/2025/TT-BTC, doanh nghiệp phải lấy số thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu để bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động tiêu thụ nội địa.

Số thuế GTGT được hoàn có bị khống chế theo doanh thu xuất khẩu không?

Pháp luật hiện hành có quy định giới hạn số thuế GTGT được hoàn đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Cụ thể, theo hướng dẫn tại Phụ lục II Thông tư 69/2025/TT-BTC, số thuế GTGT được hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ đề nghị hoàn. Khi xác định giới hạn này, doanh thu của hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác không được tính vào doanh thu xuất khẩu làm căn cứ khống chế.

Các trường hợp được hoàn thuế gtgt hàng nhập khẩu không chỉ là công cụ hỗ trợ tài chính mà còn là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp phát triển bền vững trong môi trường kinh doanh cạnh tranh. Việc nắm vững quy định từ Luật Thuế giá trị gia tăng và các văn bản hướng dẫn sẽ mang lại lợi thế rõ rệt. Để tránh rủi ro và tối ưu hóa quy trình, doanh nghiệp nên tìm kiếm sự hỗ trợ chuyên nghiệp. Hãy liên hệ Công ty kế toán ACC ngay hôm nay để được tư vấn miễn phí và hỗ trợ thực hiện hiệu quả.