Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Xác định hóa đơn rủi ro thuế và cơ sở loại bỏ

Hóa đơn đầu vào bị xác định là rủi ro thuế thường xuất phát từ hệ thống quản lý hóa đơn điện tử của Tổng cục Thuế, dựa trên các dấu hiệu như hóa đơn từ nhà cung cấp có hành vi vi phạm (ví dụ: không kê khai thuế đúng hạn hoặc hóa đơn khống). Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, hóa đơn không hợp pháp sẽ không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Việc loại bỏ hóa đơn này là cần thiết để tránh rủi ro bị truy thu thuế và phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt trên số thuế gian lận.

Hậu quả đối với tồn kho và doanh thu đầu ra

Khi loại bỏ hóa đơn mua hàng hóa đầu vào, giá vốn hàng hóa sẽ không được ghi nhận, dẫn đến tình trạng tồn kho âm nếu hàng hóa đã được xuất bán (đầu ra đã kê khai đầy đủ). Điều này vi phạm nguyên tắc kế toán kép theo Chuẩn mực kế toán Việt Nam (VAS 02 về hàng tồn kho), có thể gây sai lệch báo cáo tài chính và rủi ro kiểm tra thuế. Để cân bằng, doanh nghiệp cần điều chỉnh đồng bộ giữa đầu vào và đầu ra, tránh tình trạng doanh thu được ghi nhận nhưng chi phí không hợp lý, dẫn đến tăng lợi nhuận ảo và nghĩa vụ thuế TNDN cao hơn.

Xem thêm: Mọi người cho em hỏi, Công ty chưa xuất hóa đơn giá trị gia tăng cho khách, thì khoản tiền khách thanh toán mình có được hạch toán vào tài khoản 511 luôn không ạ Nợ 112/Có 511?

Quy trình xử lý để tránh âm kho

Bước 1: Kiểm kê và xác nhận hàng hóa thực tế

Thực hiện kiểm kê tồn kho ngay lập tức để xác định số lượng hàng hóa liên quan đến hóa đơn rủi ro đã xuất bán. Lập biên bản kiểm kê có chữ ký của kế toán trưởng và người phụ trách kho, kèm chứng từ thực tế (hóa đơn đầu ra, phiếu xuất kho). Bước này giúp làm cơ sở điều chỉnh, đảm bảo tuân thủ Điều 46 Luật Kế toán 2015, tránh tranh chấp khi cơ quan thuế kiểm tra.

Bước 2: Điều chỉnh sổ sách kế toán cho đầu vào

Lập chứng từ điều chỉnh (phiếu kế toán storno) để loại bỏ toàn bộ giá trị hóa đơn đầu vào rủi ro, bao gồm giảm tài khoản 156 (hàng tồn kho) và 133 (thuế GTGT đầu vào). Đồng thời, ghi nhận khoản phải thu từ nhà cung cấp nếu có cơ sở đòi bồi thường. Theo Thông tư 99/2025/TT-BTC, việc điều chỉnh phải được thực hiện trong kỳ kế toán phát hiện sai sót, và báo cáo bổ sung tờ khai thuế nếu ảnh hưởng đến kỳ trước.

Bước 3: Điều chỉnh doanh thu và giá vốn đầu ra tương ứng

Xem thêm: Bên em có chuỗi cửa hàng mỗi ngày rất nhiều đơn hàng bán ra và số tiền đơn hàng giống nhau cũng rất nhiều ạ (vì số tiền nhỏ dưới 5 triệu nên thường cá nhân mua hàng sẽ chuyển khoản trực tiếp vào tài khoản công ty không có nội dung gì) nên khi em hạch toán phần ngân hàng em đang chưa biết làm sao để khớp tiền ngân hàng với hóa đơn bán ra ạ (1 tháng bên em có khoảng 700 lệnh chuyển khoản ạ) mà em cứ phải đi dò lại xem lệnh chuyển khoản này của công ty nào thì mất rất nhiều thời gian ạ. Mong anh chị chỉ giáo cho em cách làm ạ.

Giảm doanh thu đầu ra và thuế GTGT đầu ra cho phần hàng hóa xuất bán từ hóa đơn rủi ro, bằng cách lập hóa đơn điều chỉnh (giảm) theo mẫu 01/TTĐT tại Thông tư 20/2026/TT-BTC. Đồng thời, điều chỉnh giá vốn hàng bán (tài khoản 632) để cân bằng tồn kho, tránh âm số. Nếu không thể điều chỉnh đầu ra (do đã nộp thuế), doanh nghiệp có thể bổ sung chứng từ mua hàng thay thế từ nguồn hợp pháp khác, đảm bảo tổng tồn kho dương. Quy trình này phải hoàn thành trước hạn nộp báo cáo tài chính, tránh phạt chậm trễ theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Bước 4: Nộp hồ sơ bổ sung và theo dõi

• Biên bản kiểm kê tồn kho.
• Chứng từ điều chỉnh kế toán (phiếu storno, hóa đơn điều chỉnh).
• Tờ khai thuế bổ sung (nếu cần) theo mẫu tại Thông tư 99/2025/TT-BTC.
• Giải trình gửi cơ quan thuế địa phương để xác nhận xử lý.

Gửi hồ sơ qua hệ thống iHTKK hoặc eTax, và lưu trữ ít nhất 10 năm theo Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ quy trình trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế, phạt hành chính và sai lệch báo cáo tài chính, đồng thời duy trì uy tín với cơ quan thuế. Xử lý kịp thời còn hỗ trợ khấu trừ thuế hợp lý cho các giao dịch sau. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.