Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Cơ sở pháp lý liên quan đến việc giải trình chênh lệch doanh thu

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, cơ quan thuế có quyền kiểm tra, thanh tra hồ sơ thuế của doanh nghiệp để đảm bảo tính chính xác, trung thực của báo cáo tài chính và các chỉ tiêu kê khai thuế (Điều 109). Chênh lệch giữa doanh thu trên báo cáo tài chính và dòng tiền thực nhận qua ngân hàng thường phát sinh do các khoản thu hộ, chi hộ, vốn không được coi là doanh thu chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) hoặc thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của doanh nghiệp. Thông tư số 80/2021/TT-BTC (hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế) quy định rõ tại Điều 7 rằng doanh nghiệp phải cung cấp đầy đủ chứng từ, tài liệu để giải trình các khoản thu chi không phải doanh thu thực tế, nhằm tránh bị truy thu thuế hoặc phạt hành chính trên số thuế gian lận.

Hồ sơ cần chuẩn bị để giải trình

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em đang bị cưỡng chế hóa đơn do nợ thuế chậm nộp, nhưng thực tế đã nộp tiền mà hệ thống chưa cập nhật, trong thời gian bị cưỡng chế vẫn phát sinh giao dịch bán hàng, vậy xử lý hóa đơn ra sao?

Để chứng minh chênh lệch không phải doanh thu thực của doanh nghiệp, cần tập trung vào các chứng từ chứng minh tính chất thu hộ, chi hộ (ví dụ: thu thay cho nhà cung cấp, khách hàng hoặc đối tác). Các hồ sơ chính bao gồm:

• Hợp đồng hoặc thỏa thuận thu hộ, chi hộ với bên thứ ba, nêu rõ trách nhiệm và thời hạn hoàn trả.
• Hóa đơn GTGT đầu vào/đầu ra liên quan đến các khoản thu chi hộ, kèm chứng từ thanh toán (nếu có).
• Sao kê tài khoản ngân hàng chi tiết các giao dịch thu/chi, đối chiếu với sổ cái kế toán và báo cáo dòng tiền.
• Bảng kê chi tiết các khoản thu hộ, chi hộ (theo mẫu tự lập hoặc theo Phụ lục của Thông tư 80/2021/TT-BTC), bao gồm số tiền, ngày giao dịch, bên liên quan và lý do.
• Báo cáo tài chính và tờ khai thuế liên quan (TNDN, GTGT) của kỳ kiểm tra, kèm giải trình bằng văn bản nêu rõ cơ sở hạch toán các khoản này ngoài doanh thu.

Quy trình giải trình với cơ quan thuế

Bước 1: Tiếp nhận và xác định thời hạn giải trình

Ngay khi nhận thông báo kiểm tra từ cơ quan thuế (theo Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14), doanh nghiệp phải xác định thời hạn giải trình, thường là 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận thông báo. Trong thời gian này, cần rà soát nội bộ để thu thập hồ sơ, tránh chậm trễ dẫn đến phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Bước 2: Soạn thảo và nộp hồ sơ giải trình

Xem thêm: Công ty em có doanh thu 80 tỷ/năm nhưng lợi nhuận chỉ khoảng 1%, cơ quan thuế yêu cầu giải trình tỷ suất lợi nhuận thấp hơn ngành, vậy cần chuẩn bị hồ sơ gì để bảo vệ số liệu?

Lập văn bản giải trình chính thức, đính kèm toàn bộ hồ sơ theo danh sách trên, gửi trực tiếp hoặc qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Văn bản cần nêu rõ phân tích chênh lệch, dẫn chứng pháp lý từ Thông tư 80/2021/TT-BTC, và cam kết tính trung thực. Nếu cần, yêu cầu gia hạn thêm 10 ngày bằng văn bản lý do chính đáng.

Bước 3: Theo dõi và xử lý phản hồi từ cơ quan thuế

Sau khi nộp, theo dõi phản hồi qua hệ thống điện tử hoặc liên hệ trực tiếp. Nếu cơ quan thuế chấp nhận, doanh nghiệp sẽ nhận xác nhận bằng văn bản; nếu không, có quyền khiếu nại theo Điều 114 Luật Quản lý thuế. Trong trường hợp bị truy thu, cần nộp bổ sung thuế và tiền chậm nộp để tránh phạt thêm.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt quy định thuế giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu, phạt hành chính và duy trì uy tín kinh doanh. Đồng thời, đảm bảo báo cáo tài chính minh bạch, hỗ trợ hoạt động bền vững lâu dài. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.