Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Rủi ro bị cơ quan thuế nghi ngờ chuyển giá

Theo Nghị định số 132/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết (giao dịch liên kết và chuyển giá), chuyển giá được hiểu là việc xác định giá giao dịch giữa các bên liên kết không theo nguyên tắc giá thị trường độc lập, nhằm mục đích giảm nghĩa vụ thuế. Trong trường hợp doanh nghiệp của Anh/Chị báo lỗ liên tiếp do bán hàng tồn kho dưới giá vốn, cơ quan thuế chỉ nghi ngờ chuyển giá nếu tồn tại giao dịch liên kết (ví dụ: mua hàng từ công ty mẹ, chi nhánh hoặc bên có quan hệ sở hữu, kiểm soát trên 25% vốn). Nếu không có giao dịch liên kết, rủi ro chuyển giá là thấp, nhưng cơ quan thuế vẫn có thể kiểm tra tổng thể để đánh giá tính hợp lý của kết quả kinh doanh theo Luật Quản lý thuế 2019. Lỗ liên tục 3 năm có thể dẫn đến thanh tra, đặc biệt nếu doanh nghiệp thuộc diện ưu đãi thuế hoặc có dấu hiệu bất thường như giá nhập khẩu cao bất hợp lý từ 2022.

Xem thêm: Công ty em có chính sách chiết khấu thương mại cuối năm dựa trên tổng doanh số đạt được của khách hàng, nhưng trong năm đã ghi nhận doanh thu theo giá chưa trừ chiết khấu, vậy cuối năm khi xác định mức chiết khấu thực tế thì nên hạch toán giảm doanh thu hay ghi nhận vào chi phí bán hàng?

Rủi ro bị điều chỉnh giá vốn

Giá vốn hàng tồn kho được xác định theo nguyên tắc thực tế phát sinh, bao gồm chi phí mua hàng và chi phí liên quan, theo Thông tư 99/2025/TT-BTC hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp. Cơ quan thuế có thể điều chỉnh giá vốn nếu phát hiện chi phí không hợp lý, khấu hao sai hoặc hàng tồn kho bị định giá quá cao do biến động thị trường, dẫn đến lỗ giả tạo nhằm hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc giảm thuế thu nhập doanh nghiệp. Trong bối cảnh lạm phát giảm từ 2022 đến 2025, nếu doanh nghiệp không chứng minh được giá nhập khẩu ban đầu là theo giá thị trường (qua hợp đồng, hóa đơn chứng từ), cơ quan thuế có thể yêu cầu điều chỉnh theo phương pháp giá thị trường độc lập tại Điều 7 Nghị định 132/2020/NĐ-CP. Hậu quả có thể là truy thu thuế trên lợi nhuận điều chỉnh, cộng phạt chậm nộp và phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Để tránh bị nghi ngờ, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ chứng minh tính hợp lý của giá vốn và lỗ kinh doanh, tập trung vào việc tuân thủ nguyên tắc giá thị trường. Các biện pháp cụ thể bao gồm:

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em có giao dịch nhận tiền góp vốn nhưng chuyển nhầm vào tài khoản cá nhân giám đốc rồi mới chuyển vào công ty, vậy có cần biên bản xác nhận để tránh bị coi là doanh thu không kê khai?

• Lưu trữ đầy đủ chứng từ gốc: Hóa đơn nhập khẩu từ 2022, hợp đồng mua bán, biên bản kiểm kê tồn kho định kỳ, và báo cáo biến động giá thị trường (từ nguồn uy tín như Hiệp hội ngành hàng hoặc dữ liệu hải quan).
• Áp dụng phương pháp đánh giá tồn kho phù hợp: Sử dụng phương pháp bình quân gia quyền hoặc FIFO theo Thông tư 99/2025/TT-BTC để phản ánh giá vốn thực tế, tránh định giá quá cao dẫn đến lỗ bất thường.
• Nộp báo cáo giao dịch liên kết (nếu áp dụng): Theo Điều 30 Nghị định 132/2020/NĐ-CP, nếu có giao dịch liên kết vượt 200.000.000 đồng/năm, phải nộp Tờ khai 01/CTG-LKT trước ngày 90 sau khi kết thúc năm tài chính, kèm phân tích so sánh giá thị trường.
• Thực hiện kiểm toán độc lập: Thuê đơn vị kiểm toán để xác nhận báo cáo tài chính, giúp tăng tính minh bạch khi cơ quan thuế thanh tra.

Nếu phát hiện rủi ro, doanh nghiệp có thể tự điều chỉnh trước khi thanh tra để giảm phạt, theo Điều 50 Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về chuyển giá và giá vốn giúp doanh nghiệp tránh truy thu thuế, phạt hành chính và duy trì uy tín với cơ quan quản lý. Đồng thời, nó hỗ trợ tối ưu hóa chi phí thuế hợp pháp trong bối cảnh kinh tế biến động. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.