Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Rủi ro khi tiếp tục xuất hóa đơn điện tử với doanh thu cao nhưng thiếu hóa đơn đầu vào

Hộ kinh doanh cá thể thuộc nhóm 2 nếu đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thì bắt buộc phải áp dụng phương pháp kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN), thay vì phương pháp khoán như trước đây. Theo Điều 10 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, việc xuất hóa đơn điện tử phải đảm bảo tính chính xác, đầy đủ về doanh thu và chi phí liên quan. Nếu doanh thu ghi nhận qua hóa đơn điện tử cao nhưng không có hóa đơn đầu vào chứng minh giá vốn hàng hóa (do nhập từ nguồn nhỏ lẻ), cơ quan thuế có thể coi đây là dấu hiệu bất thường, dẫn đến rủi ro bị kiểm tra, thanh tra sau đó.

Cụ thể, rủi ro bao gồm:

• Truy thu thuế GTGT và TNCN: Theo Thông tư 88/2021/TT-BTC (hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 125/2020/NĐ-CP), hộ kinh doanh kê khai phải nộp thuế GTGT đầu ra (thường 10% doanh thu nếu không khấu trừ đầu vào). Nếu không chứng minh được chi phí giá vốn, lợi nhuận tính thuế TNCN sẽ bị đẩy lên cao (tỷ lệ 0,5-5% doanh thu tùy ngành), dẫn đến số thuế phải nộp tăng đáng kể. Ví dụ, với doanh thu 200 triệu đồng/năm, thuế GTGT có thể lên đến 20 triệu đồng nếu không khấu trừ đầu vào.
• Phạt hành chính: Theo Điều 27 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, nếu hóa đơn điện tử không khớp với thực tế chi phí, có thể bị phạt hành chính do lập hóa đơn không đúng quy định. Ngoài ra, theo Luật Quản lý thuế 2019, hành vi kê khai sai dẫn đến thiếu thuế có thể bị phạt trên số thuế truy thu, kèm lãi chậm nộp.
• Rủi ro cao hơn nếu bị thanh tra: Cơ quan thuế thường kiểm tra hộ kinh doanh chuyển từ khoán sang kê khai, đặc biệt khi tỷ lệ chi phí/doanh thu thấp bất thường (dưới 50-60% tùy ngành). Nếu không xử lý kịp thời, có thể dẫn đến đình chỉ kinh doanh hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự nếu số tiền lớn (theo Bộ luật Hình sự 2015).

Tóm lại, rủi ro là khá cao nếu tiếp tục mà không điều chỉnh, vì hệ thống hóa đơn điện tử kết nối trực tiếp với cơ quan thuế, dễ bị phát hiện qua dữ liệu chéo.

Xem thêm: Cho em hỏi là HKD nếu không đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử mà chỉ ghi sổ doanh thu thì khi khách là công ty yêu cầu hóa đơn để quyết toán chi phí, mình có cách nào xử lý không ạ?

Cách xử lý tồn kho và chi phí giá vốn hợp lý

Để giảm rủi ro, hộ kinh doanh cần hợp pháp hóa chi phí giá vốn từ nguồn nhập khẩu nhỏ lẻ bằng cách ghi nhận chứng từ thay thế hóa đơn đầu vào, đồng thời điều chỉnh sổ sách kế toán theo quy định tại Thông tư 88/2021/TT-BTC. Không nên tiếp tục xuất hóa đơn mà không cập nhật chi phí tương ứng, vì điều này vi phạm nguyên tắc kê khai trung thực. Dưới đây là hướng dẫn cụ thể để xử lý tồn kho hiện tại và tương lai, tập trung vào việc lập chứng từ hợp lệ.

Bước 1: Lập biên bản kiểm kê và ghi nhận tồn kho ban đầu

Ngay lập tức tiến hành kiểm kê thực tế tồn kho tại thời điểm bắt đầu sử dụng hóa đơn điện tử (đầu năm). Lập biên bản kiểm kê có chữ ký của chủ hộ kinh doanh và ít nhất một nhân chứng (nếu có), ghi rõ số lượng, chủng loại hàng hóa, giá trị ước tính dựa trên giá thị trường hoặc giá nhập thực tế từ nguồn nhỏ lẻ. Biên bản này làm cơ sở ghi nhận giá vốn ban đầu vào sổ sách, theo Điều 12 Thông tư 88/2021/TT-BTC, giúp tránh tình trạng doanh thu "lơ lửng" không có chi phí. Giá trị tồn kho có thể khấu trừ dần vào chi phí theo phương pháp FIFO (First In First Out) khi bán hàng.

Bước 2: Xử lý chứng từ cho các giao dịch nhập khẩu nhỏ lẻ

Đối với hàng hóa nhập sau, yêu cầu người bán cung cấp biên lai thu tiền hoặc hợp đồng mua bán miệng (nếu không có hóa đơn). Nếu nguồn nhỏ lẻ không xuất hóa đơn, lập phiếu nhập kho kèm biên bản mua hàng không hóa đơn theo mẫu tại Thông tư 20/2026/TT-BTC. Chứng từ này phải ghi rõ thông tin người bán (tên, địa chỉ, số điện thoại), số lượng, đơn giá, tổng giá trị, và chữ ký hai bên. Tổng chi phí từ các chứng từ này sẽ được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào (nếu áp dụng tỷ lệ 10%) và tính vào giá vốn để giảm lợi nhuận chịu thuế TNCN.

Xem thêm: Em xin phép hỏi hơi dài một chút. Em mở HKD bán đồ ăn vặt, nguyên liệu nhập mỗi ngày từ nhiều nguồn khác nhau như chợ đầu mối, mối quen, không có hóa đơn. Doanh thu mỗi ngày không cao nhưng cộng cả năm thì cũng hơn 1 tỷ. Nếu em đăng ký xuất hóa đơn điện tử thì có bị bắt buộc chứng minh nguồn gốc toàn bộ nguyên liệu không, và trường hợp không có hóa đơn đầu vào thì rủi ro xử lý như thế nào ạ?

Bước 3: Cập nhật sổ sách kế toán và kê khai thuế

Ghi chép chi phí giá vốn vào sổ cái hàng tồn kho hàng tháng, đảm bảo tổng chi phí hợp lý (thường 60-80% doanh thu tùy ngành). Khi kê khai thuế quý/năm qua hệ thống iHTKK hoặc eTax, đính kèm biên bản và chứng từ liên quan để chứng minh. Theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, hóa đơn điện tử đầu ra phải khớp với chi phí đầu vào đã kê khai. Nếu cần, thuê dịch vụ kế toán để kiểm toán nội bộ, tránh sai sót dẫn đến phạt.

Bước 4: Theo dõi và điều chỉnh định kỳ

Hàng quý, đối chiếu tồn kho thực tế với sổ sách và điều chỉnh nếu có chênh lệch (lập biên bản điều chỉnh). Nếu doanh thu tiếp tục cao, cân nhắc chuyển nguồn nhập về nhà cung cấp có hóa đơn để dễ khấu trừ hơn. Việc này giúp giảm rủi ro xuống mức thấp, đồng thời tuân thủ nguyên tắc minh bạch theo Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ các quy định trên không chỉ giúp tránh phạt mà còn xây dựng uy tín kinh doanh lâu dài, đảm bảo dòng tiền ổn định. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.