Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Phương pháp tính thuế GTGT đối với hộ kinh doanh có doanh thu trên 1 tỷ đồng

Hộ kinh doanh cá thể có doanh thu hàng năm trên 1 tỷ đồng thuộc Nhóm 2 và bắt buộc phải nộp thuế theo Phương pháp kê khai số quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Thông tư 18/2026/TT-BTC. Kể từ năm 2026, mọi hộ kinh doanh trong nhóm này không còn áp dụng mức thuế khoán ước tính mà phải tự kê khai dựa trên doanh thu thực tế ghi nhận từ hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền. Theo đó, Anh/Chị sẽ nộp thuế GTGT theo tỷ lệ % trực tiếp trên doanh thu (ví dụ: 1% cho hoạt động phân phối, bán lẻ hàng hóa). Với doanh thu đã vượt ngưỡng miễn thuế 500 triệu đồng/năm, Anh/Chị có nghĩa vụ kê khai hàng quý trên ứng dụng eTax Mobile. Tại phương pháp này, Anh/Chị nộp thuế trực tiếp trên dòng doanh thu bán ra và không thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Xem thêm: Các anh chị cho em hỏi phòng chẩn trị y học cổ truyền thuế tính như thế nào ạ?

Xử lý hóa đơn đầu vào từ doanh nghiệp đóng thuế GTGT 5%

Hóa đơn đầu vào từ các công ty (doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ) thường có mức thuế suất GTGT là 5% hoặc 10% theo quy định tại Luật Thuế GTGT 2024. Tuy nhiên, đối với hộ kinh doanh áp dụng phương pháp kê khai trực tiếp trên doanh thu, khoản thuế GTGT 5% này không được bóc tách để khấu trừ riêng. Theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP, toàn bộ số tiền thuế GTGT Anh/Chị trả cho nhà cung cấp được coi là một phần yếu tố cấu thành nên giá vốn hàng hóa. Điều này hoàn toàn không phải là "đóng thuế hai lần", mà là đặc thù của phương pháp tính thuế trực tiếp: Anh/Chị chấp nhận chịu thuế đầu vào như một khoản chi phí mua hàng để đổi lấy việc được áp dụng mức thuế suất đầu ra rất thấp (chỉ 1% thay vì 5% hoặc 10%) và thủ tục kế toán số đơn giản hóa tối đa.

Xử lý hóa đơn đầu ra xuất cho khách hàng là hộ kinh doanh

Khi Anh/Chị xuất hóa đơn điện tử cho khách hàng là hộ kinh doanh khác, theo quy định về hóa đơn số năm 2026, Anh/Chị sẽ sử dụng Hóa đơn bán hàng. Trên loại hóa đơn này, tiêu thức thuế suất và tiền thuế GTGT sẽ không hiển thị (thường để trống hoặc gạch chéo), chứ không phải ghi mức 0% (vì 0% là mức dành riêng cho hàng hóa xuất khẩu). Việc không hiển thị tiền thuế trên hóa đơn cho thấy Anh/Chị đang nộp thuế theo phương pháp trực tiếp. Anh/Chị vẫn phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ quy định (ví dụ 1%) trên tổng giá trị đơn hàng này. Khách hàng là hộ kinh doanh khi nhận hóa đơn của Anh/Chị cũng hạch toán toàn bộ giá trị hóa đơn vào chi phí kinh doanh của họ. Do đó, quy trình này hoàn toàn minh bạch và không phát sinh tình trạng trùng lặp thuế giữa các khâu.

Xem thêm: Các bác cho hỏi hộ kinh doanh cũ dưới 500 triệu thì năm nay kê khai 2 lần vào 31/7 với 30/1 năm sau đúng không ạ, hay chỉ kê khai 1 lần vào năm sau thôi? Còn 2 lần là để cho hộ mới ra kinh doanh năm 2026 ạ?

Kết luận về việc có "đóng thuế hai lần" hay không

Tóm lại, Anh/Chị không đóng thuế hai lần. Bản chất của vấn đề là sự khác biệt giữa hai phương pháp thuế: Nhà cung cấp của Anh/Chị nộp thuế theo phương pháp khấu trừ (thuế suất cao, được trừ đầu vào), còn Anh/Chị nộp theo phương pháp trực tiếp (thuế suất rất thấp, không được trừ đầu vào). Khoản thuế 5% đầu vào thực chất là chi phí cấu thành giá vốn, còn khoản 1% Anh/Chị nộp là thuế tính trên giá trị gia tăng mà Anh/Chị tạo ra. Việc tuân thủ đúng quy trình kê khai số trên hóa đơn máy tính tiền giúp Anh/Chị tránh được các rủi ro bị hệ thống của cơ quan thuế cảnh báo sai lệch doanh thu và xử phạt hành chính theo Nghị định 310/2025/NĐ-CP, đồng thời đảm bảo hồ sơ tín nhiệm thuế luôn sạch để hưởng các ưu đãi kinh tế số.Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.