Hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh là một vấn đề pháp lý quan trọng mà các doanh nghiệp cần nắm rõ để tránh rủi ro về thuế và tuân thủ quy định. Khi tạm ngừng hoạt động, việc xử lý hóa đơn không chỉ giúp duy trì tính hợp pháp mà còn đảm bảo quyền lợi kinh tế lâu dài. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết các quy định liên quan, giúp bạn dễ dàng áp dụng. Cùng Công ty kế toán ACC tìm hiểu sâu hơn.

1. Xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh chi tiết

Khi một đơn vị quyết định tạm ngừng kinh doanh, việc xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh trở thành bước bắt buộc để tránh các sai sót về kê khai thuế và chứng từ. Theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ, doanh nghiệp phải thông báo tạm ngừng với cơ quan thuế trong vòng 3 ngày làm việc kể từ ngày bắt đầu tạm ngừng. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến việc phát hành, sử dụng và lưu trữ hóa đơn, vì hóa đơn điện tử là công cụ chính để ghi nhận giao dịch. Cụ thể, nếu đơn vị đang sử dụng hóa đơn điện tử, họ cần ngừng phát hành mới ngay lập tức và xử lý các hóa đơn tồn đọng.

Thông tư 32/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định này quy định rõ rằng, trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp không được phép lập hóa đơn cho các giao dịch phát sinh, trừ trường hợp hoàn thành nghĩa vụ với khách hàng cũ. Việc xử lý bao gồm kiểm kê toàn bộ hóa đơn đã phát hành, hủy bỏ những hóa đơn không sử dụng và báo cáo tình trạng cho cơ quan thuế qua hệ thống điện tử. Nếu không thực hiện đúng, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính từ 4 đến 8 triệu đồng theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP liên quan xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Hơn nữa, hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh cần được lưu trữ đầy đủ ít nhất 10 năm để phục vụ kiểm tra sau này, đảm bảo tính minh bạch và dễ dàng khôi phục hoạt động khi tái khởi động. Quy trình này không chỉ giúp tránh tranh chấp pháp lý mà còn hỗ trợ doanh nghiệp duy trì uy tín với đối tác.

2. Cơ sở pháp lý và các quy định liên quan đến hóa đơn khi tạm ngừng kinh doanh

Việc xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh được điều chỉnh chủ yếu bởi Nghị định số 123/2020/NĐ-CP, văn bản cốt lõi quy định về hóa đơn điện tử và chứng từ từ ngày 1 tháng 7 năm 2022. Nghị định này yêu cầu mọi doanh nghiệp phải chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử, và khi tạm ngừng, họ phải cập nhật thông tin thay đổi trên Cổng thông tin quốc gia về hóa đơn điện tử. Cụ thể, Điều 16 của Nghị định nêu rõ trách nhiệm thông báo tạm ngừng kinh doanh đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp, kèm theo danh sách hóa đơn đang sử dụng.

Đồng thời, Thông tư 32/2025/TT-BTC bổ sung hướng dẫn chi tiết tại Điều 9, nhấn mạnh rằng hóa đơn đã phát hành nhưng chưa sử dụng phải được hủy theo quy trình điện tử, với xác nhận từ người đại diện pháp lý.

Nếu đơn vị tạm ngừng do lý do bất khả kháng như dịch bệnh, họ có thể được gia hạn thời gian xử lý hóa đơn lên đến 30 ngày, nhưng vẫn phải nộp báo cáo định kỳ hàng quý. Các quy định này nhằm đảm bảo hệ thống hóa đơn không bị lạm dụng, đồng thời bảo vệ quyền lợi của người nộp thuế. Doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ bao gồm quyết định tạm ngừng từ cơ quan đăng ký kinh doanh, thông báo gửi thuế và biên bản kiểm kê hóa đơn. Việc tuân thủ không chỉ tránh phạt mà còn giúp đơn vị dễ dàng tiếp tục hoạt động mà không gặp trở ngại về chứng từ cũ.

Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn ở khâu hủy hóa đơn điện tử, vì phải thực hiện qua phần mềm được cơ quan thuế phê duyệt, đòi hỏi sự hỗ trợ từ dịch vụ kế toán chuyên nghiệp.

>> Đọc thêm: Hướng dẫn thủ tục tạm ngừng hoạt động chi nhánh

Xem thêm: Quy định khi nào tạm ngừng phiên tòa hình sự?

3. Quy trình xử lý hóa đơn cụ thể cho đơn vị tạm ngừng

Để xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh một cách hiệu quả, doanh nghiệp cần tuân thủ quy trình rõ ràng dựa trên các quy định pháp luật. Quy trình này bao gồm các bước cụ thể, giúp tránh sai sót và đảm bảo tính pháp lý.

Bước 1: Thông báo tạm ngừng kinh doanh

Doanh nghiệp phải gửi thông báo tạm ngừng đến cơ quan thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh trong vòng 3 ngày làm việc kể từ ngày tạm ngừng, theo Điều 33 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. Thông báo cần kèm theo quyết định nội bộ và lý do tạm ngừng, đồng thời cập nhật trên hệ thống hóa đơn điện tử. Việc này giúp cơ quan thuế theo dõi và tạm khóa chức năng phát hành hóa đơn mới, tránh phát sinh giao dịch không hợp lệ trong giai đoạn này. Nếu không thông báo kịp thời, doanh nghiệp có thể bị coi là vi phạm và chịu phạt.

Bước 2: Kiểm kê và phân loại hóa đơn tồn đọng

Tiến hành kiểm kê toàn bộ hóa đơn đã mua, đã phát hành nhưng chưa sử dụng, theo hướng dẫn tại Thông tư 32/2025/TT-BTC. Phân loại hóa đơn thành các nhóm: hóa đơn hợp lệ cần lưu trữ, hóa đơn lỗi cần hủy và hóa đơn đang trong quá trình giao dịch. Biên bản kiểm kê phải được ký bởi người đại diện và lưu giữ làm cơ sở pháp lý. Bước này thường mất từ 5-10 ngày, tùy quy mô doanh nghiệp, và giúp xác định rõ ràng tình trạng hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh để báo cáo chính xác.

Bước 3: Hủy hoặc điều chỉnh hóa đơn không sử dụng

Đối với hóa đơn chưa sử dụng, thực hiện hủy qua phần mềm hóa đơn điện tử, gửi xác nhận đến cơ quan thuế theo Điều 20 Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. Nếu có hóa đơn đã phát hành nhưng giao dịch bị hủy, lập biên bản điều chỉnh và thông báo cho bên nhận. Quy trình hủy phải được ghi nhận điện tử, với mã số hóa đơn bị vô hiệu hóa ngay lập tức. Điều này đảm bảo không có hóa đơn "treo" gây nhầm lẫn khi kiểm toán sau này.

Bước 4: Báo cáo và lưu trữ hóa đơn

Nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn cho cơ quan thuế trong thời hạn quy định, thường là cuối quý, theo Thông tư 32/2025/TT-BTC. Toàn bộ hóa đơn phải được lưu trữ điện tử ít nhất 10 năm, dễ dàng truy xuất khi cần. Bước cuối cùng này giúp doanh nghiệp sẵn sàng tái hoạt động mà không lo vấn đề chứng từ cũ.

4. Lưu ý quan trọng khi xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh

Khi xử lý hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp cần chú ý đến một số điểm then chốt để tránh rủi ro pháp lý và tài chính.

Đầu tiên, không được sử dụng hóa đơn cũ để lập giao dịch mới sau khi tạm ngừng, vì điều này vi phạm nguyên tắc tính liên tục của chứng từ theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. Nếu đơn vị có chi nhánh hoặc đơn vị phụ thuộc, mỗi đơn vị phải xử lý hóa đơn riêng biệt, báo cáo tổng hợp cho trụ sở chính. Thứ hai, trong trường hợp tạm ngừng kéo dài trên 1 năm, doanh nghiệp có thể phải đăng ký lại mã số hóa đơn khi tái hoạt động, theo hướng dẫn tại Thông tư 32/2025/TT-BTC, dẫn đến chi phí bổ sung.

Lưu ý rằng, hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp vẫn có thể khấu trừ thuế nếu liên quan đến hoạt động trước tạm ngừng, nhưng phải có chứng từ chứng minh. Doanh nghiệp nên sao lưu dữ liệu hóa đơn trên đám mây để tránh mất mát, đặc biệt trong bối cảnh chuyển đổi số.

 Ngoài ra, nếu tạm ngừng do phá sản hoặc giải thể, quy trình xử lý hóa đơn sẽ phức tạp hơn, yêu cầu sự tham gia của tòa án và cơ quan thuế. Việc hợp tác với dịch vụ kế toán uy tín giúp tối ưu hóa quy trình, giảm thiểu lỗi và tiết kiệm thời gian. Cuối cùng, doanh nghiệp cần theo dõi các cập nhật pháp luật, vì quy định về hóa đơn điện tử đang được hoàn thiện để phù hợp với thực tiễn kinh doanh.

5. Câu hỏi thường gặp

Đơn vị tạm ngừng kinh doanh có được phát hành hóa đơn mới không?

Theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP, trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp không được phép phát hành hóa đơn mới cho bất kỳ giao dịch nào, trừ trường hợp hoàn tất nghĩa vụ với khách hàng cũ trước đó.

Làm thế nào để hủy hóa đơn điện tử khi tạm ngừng kinh doanh?

Thông tư 32/2025/TT-BTC hướng dẫn hủy hóa đơn qua phần mềm điện tử, với biên bản hủy ký bởi người đại diện và gửi xác nhận đến cơ quan thuế trong 3 ngày. Hóa đơn bị hủy sẽ được vô hiệu hóa mã số, không thể sử dụng nữa.

Thời hạn lưu trữ hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh là bao lâu?

Theo quy định tại Nghị định số 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn phải được lưu trữ ít nhất 10 năm kể từ ngày kết thúc năm tài chính liên quan, ngay cả khi đơn vị tạm ngừng. Lưu trữ phải ở dạng điện tử, dễ truy xuất cho cơ quan thuế.

Hóa đơn của đơn vị tạm ngừng kinh doanh đòi hỏi sự xử lý cẩn thận để tránh các rủi ro pháp lý và tài chính không đáng có. Việc tuân thủ các quy định từ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 78/2021/TT-BTC không chỉ giúp doanh nghiệp duy trì uy tín mà còn hỗ trợ hoạt động suôn sẻ khi tái khởi động. Nếu bạn đang gặp khó khăn trong quy trình này, hãy liên hệ Công ty kế toán ACC ngay hôm nay.