Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về thời điểm xuất hóa đơn và trường hợp xuất bổ sung

Theo quy định tại Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn giá trị gia tăng được xác định khi chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa, hoàn thành dịch vụ cho người mua, bất kể đã thu tiền hay chưa. Trong trường hợp công ty gặp lỗi hệ thống dẫn đến xuất thiếu 5 hóa đơn tháng 8/2025 và phát hiện vào tháng 11/2025, việc lập hóa đơn bổ sung là cần thiết để đảm bảo tính chính xác của hồ sơ kế toán và thuế. Theo khoản 4 Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, hóa đơn bổ sung được lập với nội dung ghi rõ "hóa đơn bổ sung cho hóa đơn số… ngày… tháng… năm…" và phải gửi cho người mua kèm giải trình lý do. Việc này không được coi là xuất hóa đơn mới mà là điều chỉnh để khắc phục sai sót, giúp tránh rủi ro về kê khai thuế sai lệch.

Trách nhiệm kê khai bổ sung thuế

Khi phát hiện hóa đơn thiếu, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai bổ sung theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, nhằm điều chỉnh số liệu thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho kỳ tháng 8/2025. Theo Thông tư 20/2026/TT-BTC, kê khai bổ sung phải được thực hiện trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát hiện sai sót, bao gồm điều chỉnh doanh thu, thuế đầu ra và các chỉ tiêu liên quan trên tờ khai thuế GTGT. Nếu không kê khai kịp thời, có thể dẫn đến tình trạng kê khai sai, ảnh hưởng đến việc quyết toán thuế hàng quý hoặc năm. Doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ chứng từ liên quan đến lỗi hệ thống để làm cơ sở giải trình khi cơ quan thuế kiểm tra.

Xem thêm: Công ty em có doanh thu 80 tỷ/năm nhưng lợi nhuận chỉ khoảng 1%, cơ quan thuế yêu cầu giải trình tỷ suất lợi nhuận thấp hơn ngành, vậy cần chuẩn bị hồ sơ gì để bảo vệ số liệu?

Mức xử phạt vi phạm

Việc xuất hóa đơn bổ sung muộn có thể bị coi là lập hóa đơn không đúng thời điểm theo Điều 25 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, với mức phạt hành chính đối với mỗi hành vi vi phạm. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp tự phát hiện, chủ động khắc phục bằng cách lập hóa đơn bổ sung và kê khai điều chỉnh trước khi cơ quan thuế kiểm tra, có thể được miễn hoặc giảm phạt theo khoản 3 Điều 10 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (giảm 20-50% tùy mức độ tự giác). Ngoài ra, nếu kê khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế chậm nhất là ngày kê khai bổ sung, kèm tiền chậm nộp theo Luật Quản lý thuế 2019. Để tránh phạt, nên thực hiện ngay lập tức và báo cáo cơ quan thuế địa phương nếu cần.

Bước 1: Lập hóa đơn bổ sung

Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử để lập 5 hóa đơn bổ sung với nội dung chi tiết hàng hóa/dịch vụ tháng 8/2025, ghi rõ lý do "bổ sung do lỗi hệ thống". Gửi hóa đơn điện tử cho người mua qua hệ thống và lưu trữ mã của cơ quan thuế. Thời gian thực hiện: Ngay sau khi phát hiện (tháng 11/2025).

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em có giao dịch với công ty liên kết do người thân của giám đốc đứng tên, giá bán thấp hơn thị trường để hỗ trợ bán hàng, vậy có phải lập hồ sơ xác định giao dịch liên kết không?

Bước 2: Kê khai bổ sung thuế

Sử dụng mẫu tờ khai 01/GTGT theo Thông tư 20/2026/TT-BTC để điều chỉnh kỳ tháng 8/2025 trên hệ thống iHTKK hoặc eTax, cập nhật doanh thu và thuế GTGT tăng thêm. Nộp tờ khai trong vòng 10 ngày kể từ ngày lập hóa đơn bổ sung, kèm giải trình lỗi hệ thống.

Bước 3: Nộp thuế và theo dõi

Tính toán và nộp số thuế GTGT bổ sung qua tài khoản ngân hàng, kèm tiền chậm nộp nếu áp dụng. Lưu hồ sơ đầy đủ để báo cáo khi cơ quan thuế yêu cầu, và kiểm tra lại hệ thống để tránh tái phát. Nếu cần, liên hệ Chi cục Thuế quản lý để được hướng dẫn cụ thể.

Việc tuân thủ kịp thời các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro phạt hành chính, đảm bảo tính minh bạch trong quản lý thuế và duy trì uy tín kinh doanh. Đồng thời, giảm thiểu chi phí phát sinh từ kiểm tra sau. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.