Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy trình thực hiện thủ tục

Bước 1: Lập biên bản sự cố mất mát

Ngay sau khi phát hiện cháy kho, doanh nghiệp phải tổ chức kiểm kê và lập biên bản mất mát chứng từ kế toán, ghi rõ nguyên nhân, thời gian, địa điểm xảy ra, danh sách hóa đơn bị mất. Biên bản cần có chữ ký của người đứng đầu doanh nghiệp, nhân chứng và xác nhận của cơ quan chức năng địa phương. Việc này giúp chứng minh tính bất khả kháng, tránh bị coi là cố tình làm mất chứng từ.

Xem thêm: Em đang làm quyết toán thuế TNCN năm mà có nhân viên nghỉ giữa năm, đã ủy quyền trước đó, vậy có được quyết toán thay không ạ?

Bước 2: Thông báo và nộp hồ sơ cho cơ quan thuế

Trong vòng 10 ngày kể từ ngày lập biên bản, doanh nghiệp gửi thông báo mất hóa đơn đến Chi cục Thuế quản lý trực tiếp. Hồ sơ bao gồm:

• Biên bản mất mát chứng từ đã lập.
• Danh sách chi tiết hóa đơn đầu vào bị mất
• Giấy xác nhận sự cố từ cơ quan có thẩm quyền (công an hoặc phòng cháy).

Cơ quan thuế sẽ xem xét và hướng dẫn bổ sung, giúp doanh nghiệp không bị tính khấu trừ thuế GTGT nếu chứng minh được giao dịch thực tế.

Bước 3: Yêu cầu cấp lại hoặc xác nhận từ nhà cung cấp

Liên hệ nhà cung cấp để yêu cầu cấp lại hóa đơn gốc hoặc sao y có xác nhận (theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, nếu áp dụng). Nếu không thể cấp lại, doanh nghiệp nộp đơn xin xác nhận giao dịch cho cơ quan thuế, kèm hợp đồng, biên bản giao hàng hoặc chứng từ liên quan khác. Quy trình này phải hoàn thành trong 30 ngày để tránh gián đoạn kê khai thuế, và cơ quan thuế có thể chấp nhận chứng từ thay thế để giảm mức phạt nếu hồ sơ hợp lý.

Xem thêm: Anh chị cho em hỏi, doanh nghiệp em mới đi vào hoạt động đầu năm nay nhưng 3 tháng đầu chỉ phát sinh chi phí marketing, thuê kho và trả lương thử việc mà chưa có doanh thu, vậy khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cuối năm thì phần chi phí này có bị loại do chưa tạo ra doanh thu hay vẫn được tính đầy đủ nếu có hợp đồng và chứng từ hợp lệ ạ?

Các lưu ý để tránh phạt nặng

Doanh nghiệp cần sao lưu chứng từ kế toán định kỳ để giảm rủi ro tương tự trong tương lai, theo yêu cầu tại Luật Kế toán 2015. Nếu phát hiện muộn, mức phạt có thể tăng gấp đôi. Việc tuân thủ thủ tục trên không chỉ giúp khôi phục quyền lợi khấu trừ thuế mà còn tránh các rủi ro pháp lý lâu dài.

Việc tuân thủ đúng quy trình giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro tài chính và duy trì uy tín với cơ quan nhà nước. Đồng thời, đảm bảo hoạt động kế toán liên tục, tránh gián đoạn kinh doanh. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.