Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về chứng từ hợp pháp khi nhập hàng

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 27), doanh nghiệp phải có chứng từ hợp pháp để chứng minh nguồn gốc hàng hóa, bao gồm hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) hoặc chứng từ tương đương theo quy định. Nghị định 125/2020/NĐ-CP (Điều 3) quy định hóa đơn là chứng từ bắt buộc để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Nếu nhập hàng từ nhiều nguồn, phần có hóa đơn sẽ được chấp nhận đầy đủ, nhưng phần không có hóa đơn sẽ bị coi là thiếu chứng từ hợp pháp, dẫn đến không được khấu trừ thuế đầu vào và có thể bị loại trừ khỏi chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).

Xử lý khi cơ quan thuế kiểm tra phần hàng hóa không có hóa đơn

Xem thêm: Tôi đang gặp vấn đề là tiền trong tài khoản nhiều hơn doanh thu kê khai do có thêm tiền cá nhân chuyển vào, vậy khi giải trình có khó không?

Khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra (theo Điều 109 Luật Quản lý thuế 2019), họ sẽ yêu cầu doanh nghiệp cung cấp đầy đủ chứng từ chứng minh nguồn gốc hàng hóa. Phần không có hóa đơn sẽ bị xử lý như sau:

• Không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Theo Thông tư 152/2025/TT-BTC, chỉ chứng từ hợp pháp mới được khấu trừ, dẫn đến doanh nghiệp phải nộp bổ sung số thuế GTGT tương ứng với giá trị hàng hóa thiếu hóa đơn.
• Loại trừ chi phí khi tính thuế TNDN: Cơ quan thuế sẽ không công nhận phần chi phí này là hợp lý (theo Thông tư 20/2026/TT-BTC), dẫn đến truy thu thuế TNDN với mức thuế suất 20% trên giá trị hàng hóa không chứng minh được.
• Xử phạt vi phạm hành chính: Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP (Điều 27), nếu không chứng minh được nguồn gốc hàng hóa, doanh nghiệp có thể bị phạt trên số thuế gian lận hoặc thiếu hụt, cụ thể:
• Phạt cảnh cáo hoặc hành chính nếu vi phạm lần đầu và tự khắc phục.
• Phạt hành chính cao hơn nếu giá trị hàng hóa lớn, kèm truy thu và tiền chậm nộp.

Nếu phát hiện dấu hiệu trốn thuế, cơ quan thuế có thể áp dụng biện pháp cưỡng chế thu hồi nợ thuế theo Điều 125 Luật Quản lý thuế 2019.

Xem thêm: Mình bán hàng qua nhiều kênh như Facebook, TikTok, Shopee, mỗi bên một kiểu báo cáo, số liệu không đồng nhất, nên khi tổng hợp doanh thu để kê khai rất dễ bị lệch, trong trường hợp này nếu cơ quan thuế kiểm tra thì họ sẽ căn cứ theo nguồn nào và mình nên chuẩn bị đối chiếu ra sao để tránh bị quy là kê khai thiếu doanh thu?

Khuyến nghị khắc phục và phòng ngừa

Để tránh rủi ro, doanh nghiệp nên ưu tiên nhập hàng từ nguồn có hóa đơn hợp pháp. Nếu đã nhập hàng thiếu hóa đơn, có thể bổ sung chứng từ thay thế như hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận kèm chứng minh thanh toán qua ngân hàng (theo Thông tư 20/2026/TT-BTC). Trong trường hợp kiểm tra, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ giải trình kịp thời để giảm mức phạt. Thông tư 152/2025/TT-BTC khuyến khích sử dụng hóa đơn điện tử để đảm bảo tính minh bạch, giúp dễ dàng lưu trữ và kiểm tra.

Việc tuân thủ đầy đủ chứng từ giúp doanh nghiệp tránh truy thu thuế, giảm rủi ro phạt hành chính và duy trì uy tín kinh doanh. Đồng thời, nó hỗ trợ tối ưu hóa chi phí thuế hợp pháp, góp phần ổn định hoạt động tài chính lâu dài. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.