Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định về hóa đơn VAT cho chi phí vận chuyển trong nhập khẩu hàng hóa từ Trung Quốc

Khi nhập khẩu hàng hóa từ Trung Quốc, chi phí vận chuyển (thường bao gồm cước phí quốc tế theo điều kiện giao hàng CIF hoặc FOB) được tính vào giá trị hải quan để tính thuế nhập khẩu và thuế GTGT tại khâu nhập khẩu. Theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, chi phí vận chuyển quốc tế do nhà cung cấp nước ngoài thực hiện thường không được xuất hóa đơn GTGT theo quy định Việt Nam, vì bên vận chuyển (công ty logistics Trung Quốc hoặc quốc tế) không phải là đối tượng nộp thuế GTGT tại Việt Nam. Thay vào đó, doanh nghiệp nhập khẩu có thể khấu trừ thuế GTGT đầu vào dựa trên các chứng từ hợp lệ thay thế hóa đơn, đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ.

Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho chi phí vận chuyển

Để khấu trừ thuế GTGT đầu vào từ chi phí vận chuyển, doanh nghiệp cần đáp ứng các điều kiện sau theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 và Điều 14 Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ:

• Có hợp đồng vận chuyển quốc tế hợp lệ, quy định rõ chi phí và điều kiện giao hàng (ví dụ: vận đơn đường biển – Bill of Lading hoặc vận đơn hàng không – Air Waybill).
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng) cho bên vận chuyển nước ngoài, chứng minh giá trị chi phí thực tế.
• Không có hóa đơn GTGT từ bên Việt Nam nếu vận chuyển do công ty logistics nội địa thực hiện trung gian; trong trường hợp này, bên logistics Việt Nam phải xuất hóa đơn GTGT theo mẫu quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
• Thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ nếu hàng hóa nhập khẩu được sử dụng cho sản xuất kinh doanh chịu thuế GTGT, và doanh nghiệp kê khai đầy đủ trong tờ khai hải quan theo Luật Hải quan 2014.

Xem thêm: Em tạo giấy phép kinh doanh xong rồi, tạo luôn tài khoản ngân hàng hộ kinh doanh rồi, nhưng em thắc mắc em chuyển khoản từ cá nhân vào tài khoản hộ kinh doanh để thanh toán nhà cung cấp thì có phải giải trình số tiền vào đó không ạ?

Nếu bên vận chuyển là doanh nghiệp Việt Nam (ví dụ: công ty forwarder nội địa), họ bắt buộc phải xuất hóa đơn GTGT cho phần dịch vụ vận chuyển nội địa hoặc trung gian, với thuế suất 10% theo Biểu thuế GTGT ban hành kèm 69/2025/TT-BTC.

Quy trình kê khai và khấu trừ thuế GTGT cho chi phí vận chuyển

Việc kê khai chi phí vận chuyển trong nhập khẩu được thực hiện đồng bộ với thủ tục hải quan và thuế, theo Luật Hải quan 2014 và Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Dưới đây là các bước chính:

Bước 1: Hoàn tất thủ tục hải quan nhập khẩu

Doanh nghiệp nộp tờ khai hải quan điện tử qua hệ thống VNACCS, kê khai chi phí vận chuyển vào giá trị CIF (giá hàng + bảo hiểm + cước phí) theo Điều 18 Luật Hải quan 2014. Cơ quan hải quan sẽ tính thuế GTGT nhập khẩu (thường 10%) trên cơ sở này, nộp trực tiếp tại cửa khẩu hoặc thông quan.

Bước 2: Thu thập chứng từ thay thế hóa đơn

Xem thêm: Anh chị cho em hỏi: Hộ kinh doanh thuộc nhóm 3 cần chuẩn bị chứng từ gì để nộp báo cáo quyết toán thuế cuối năm ạ?

Lập biên bản kiểm kê hàng hóa nhập khẩu và thu thập vận đơn, hợp đồng vận chuyển, chứng từ thanh toán. Nếu không có hóa đơn GTGT từ bên nước ngoài, sử dụng các chứng từ này làm cơ sở khấu trừ theo Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.

Bước 3: Kê khai thuế GTGT đầu vào

Trong kỳ kê khai thuế GTGT tháng/quý, ghi nhận chi phí vận chuyển vào sổ sách kế toán và khấu trừ thuế đầu vào trên tờ khai 01/GTGT (theo mẫu Nghị định 123/2020/NĐ-CP). Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp có thể điều chỉnh bổ sung mà không bị phạt nếu tự giác theo Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 4: Lưu trữ và kiểm tra

Lưu trữ toàn bộ chứng từ ít nhất 10 năm theo quy định tại Luật Kế toán 2015. Trong trường hợp thanh tra thuế, doanh nghiệp cần chứng minh tính hợp pháp của chi phí để tránh bị loại trừ khấu trừ.

Tuân thủ các quy định trên giúp doanh nghiệp tối ưu hóa chi phí thuế, tránh rủi ro phạt hành chính và đảm bảo dòng tiền ổn định trong hoạt động nhập khẩu. Việc khấu trừ đúng quy định có thể giảm đáng kể gánh nặng thuế GTGT, hỗ trợ lợi nhuận kinh doanh bền vững. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.