Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Tiếp tục xuất hóa đơn điện tử khi nhận cảnh báo rủi ro

Theo quy định tại, doanh nghiệp thuộc nhóm 2 bắt buộc phải sử dụng hóa đơn điện tử và không được tạm dừng xuất hóa đơn chỉ vì nhận được cảnh báo rủi ro từ hệ thống. Cảnh báo về việc giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra vượt quá giá trị hàng tồn kho là thông tin hỗ trợ kiểm tra nội bộ và quản lý rủi ro thuế, được hướng dẫn chi tiết tại Thông tư 32/2025/TT-BTC.

Doanh nghiệp vẫn phải tiếp tục xuất hóa đơn điện tử bình thường để đảm bảo tuân thủ nghĩa vụ kê khai, nộp thuế theo Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tạm dừng có thể dẫn đến vi phạm, bị xử phạt đối với hành vi không xuất hóa đơn . Nếu sau này cơ quan thuế xác định có sai sót, doanh nghiệp có thể lập biên bản điều chỉnh hoặc hoàn trả theo quy định.

Xem thêm: Em làm tờ khai trên Misa nhưng bị âm tiền chỗ tồn kho thì phải làm thế nào ạ. Anh/chị hướng dẫn cho em với ạ. Lần đầu em làm tờ khai để nộp thuế ạ. Em cảm ơn.

Xử lý công văn giải trình và chờ phản hồi từ cơ quan thuế

Việc Anh/Chị đã gửi công văn giải trình và nhận thông báo tiếp nhận qua email là bước đúng quy trình, theo hướng dẫn tại Thông tư 32/2025/TT-BTC. Cơ quan thuế sẽ xử lý công văn trong thời hạn 10-15 ngày làm việc, tùy theo mức độ phức tạp.

Trong thời gian chờ, doanh nghiệp không cần tạm dừng xuất hóa đơn mà tiếp tục hoạt động bình thường, đồng thời lưu trữ đầy đủ chứng từ liên quan để hỗ trợ giải trình bổ sung nếu cần. Nếu phản hồi từ cơ quan thuế yêu cầu điều chỉnh, Anh/Chị có thể xuất hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo mẫu

Lưu ý, nếu không giải trình kịp thời, có thể bị kiểm tra sau và xử phạt.

Ghi nhận doanh thu và quản lý hàng tồn kho không có hóa đơn đầu vào

Doanh thu từ bán hàng hóa, dịch vụ phải được ghi nhận đầy đủ trên sổ sách kế toán theo Luật Kế toán 2015, bất kể có cảnh báo rủi ro, để đảm bảo tính chính xác báo cáo tài chính và kê khai thuế giá trị gia tăng.

 Đối với hàng tồn kho trước ngày 01/7/2022 việc đã lưu trữ nhưng chưa gửi lên cơ quan thuế là chưa đầy đủ; Anh/Chị cần bổ sung kê khai ban đầu theo Thông tư 32/2025/TT-BTC, bao gồm:

Xem thêm: Cho em hỏi qua 1 chút ạ, em bán trên sàn Shopee và TikTok (không bán ngoài) –> theo em biết 2 sàn này đã có chức năng kê khai nộp thuế thay, nhưng hôm qua cán bộ thuế bảo em vào kê khai – Tuy nhiên chỉ kê khai doanh thu của TikTok thôi còn Shopee bảo kê khai doanh thu bằng 0. Có anh chị nào gặp và hiểu tại sao như vậy có thể giải thích giúp em không ạ. Em xin cảm ơn.

• Biên bản kiểm kê hàng tồn kho thực tế.
• Giải trình nguồn gốc hàng hóa (nếu không có hóa đơn đầu vào, có thể coi là hàng hóa tự sản xuất hoặc nhập khẩu không chứng từ, dẫn đến không được khấu trừ GTGT đầu vào).
• Bảng tính giá trị tồn kho theo phương pháp bình quân gia quyền hoặc FIFO.

Hiện nay, khi mua hàng có hóa đơn đầu vào hợp lệ nhưng vẫn nhận cảnh báo, có thể do hệ thống chưa cập nhật dữ liệu kịp thời.

 Anh/Chị cần kiểm tra và cập nhật thông tin hàng tồn kho trên phần mềm hóa đơn điện tử.

Nếu hàng tồn kho không có hóa đơn đầu vào bị xác định là vi phạm có thể bị xử phạt.

Tuân thủ các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro phạt hành chính, đảm bảo dòng tiền ổn định và uy tín với cơ quan thuế. Việc xử lý kịp thời sẽ hỗ trợ kê khai thuế chính xác, giảm thiểu kiểm tra sau. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.