Quy trình khai báo hải quan là một phần không thể thiếu trong hoạt động xuất nhập khẩu, giúp doanh nghiệp tuân thủ các quy định pháp luật và tránh các rủi ro pháp lý. Việc nắm rõ quy trình này không chỉ đảm bảo hàng hóa được thông quan nhanh chóng mà còn tối ưu hóa chi phí logistics. Trong bối cảnh thương mại quốc tế ngày càng phát triển, hiểu biết về thủ tục hải quan trở thành lợi thế cạnh tranh cho các doanh nghiệp. Cùng Công ty kế toán ACC khám phá chi tiết để hỗ trợ bạn hiệu quả hơn.

1. Quy trình khai báo hải quan

Quy trình khai báo hải quan được quy định rõ ràng tại Luật Hải quan 2014, nhằm đảm bảo tính minh bạch và hiệu quả trong hoạt động thông quan hàng hóa. Theo đó, doanh nghiệp hoặc cá nhân thực hiện xuất nhập khẩu phải tuân thủ các bước cụ thể để khai báo thông tin chính xác, tránh tình trạng chậm trễ hoặc phạt hành chính. Quy trình này chủ yếu được thực hiện qua hệ thống điện tử, giúp giảm thời gian xử lý và tăng cường kiểm soát.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ khai báo

Trước khi tiến hành khai báo, doanh nghiệp cần thu thập đầy đủ các tài liệu liên quan đến lô hàng, bao gồm tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, vận đơn, chứng nhận xuất xứ và các giấy tờ chứng minh nguồn gốc hàng hóa. Việc chuẩn bị kỹ lưỡng giúp tránh sai sót, vì theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP), hồ sơ không đầy đủ có thể dẫn đến phân luồng kiểm tra cao hơn, kéo dài thời gian thông quan.

Doanh nghiệp nên kiểm tra tính hợp lệ của từng tài liệu để đảm bảo tính chính xác, đặc biệt với hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành. Quy trình này đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận logistics và kế toán, giúp tối ưu hóa quy trình khai báo hải quan tổng thể.

Bước 2: Đăng ký và truyền tờ khai hải quan

Sau khi chuẩn bị hồ sơ, doanh nghiệp sử dụng hệ thống VNACCS/VCIS để đăng ký tài khoản và truyền dữ liệu tờ khai điện tử. Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC), việc truyền tờ khai phải được thực hiện trước khi hàng hóa đến cửa khẩu ít nhất 24 giờ đối với hàng nhập khẩu. Hệ thống sẽ tự động kiểm tra dữ liệu ban đầu, và doanh nghiệp cần đảm bảo mã HS code được phân loại đúng để tránh điều chỉnh sau này.

Bước này là nền tảng của quy trình khai báo hải quan, giúp cơ quan hải quan tiếp nhận thông tin kịp thời và tiến hành phân luồng. Nếu phát hiện lỗi, doanh nghiệp có thể chỉnh sửa trước khi xác nhận, giảm thiểu rủi ro bị phạt.

Bước 3: Phân luồng và kiểm tra hải quan

Sau khi truyền tờ khai, hệ thống sẽ phân luồng tự động dựa trên mức độ rủi ro, theo quy định tại Luật Hải quan 2014. Luồng xanh cho phép thông quan ngay mà không kiểm tra thực tế; luồng vàng yêu cầu kiểm tra hồ sơ; luồng đỏ đòi hỏi kiểm tra cả hồ sơ và hàng hóa. Doanh nghiệp cần theo dõi kết quả phân luồng qua hệ thống và chuẩn bị nộp thuế nếu áp dụng.

Quy trình khai báo hải quan ở bước này nhấn mạnh vai trò của việc tuân thủ, vì kiểm tra có thể phát hiện sai sót dẫn đến xử phạt theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP. Việc hợp tác với hải quan sẽ giúp đẩy nhanh quá trình, đặc biệt với doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt.

Bước 4: Nộp thuế và hoàn tất thông quan

Khi luồng kiểm tra hoàn tất, doanh nghiệp nộp các khoản thuế, phí liên quan qua ngân hàng hoặc hệ thống điện tử, sau đó nhận quyết định thông quan. Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC, thời hạn nộp thuế không được quá 60 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, trừ trường hợp đặc biệt.

Sau khi nhận thông quan, hàng hóa được phép xuất kho hoặc nhập cảnh, kết thúc quy trình khai báo hải quan. Doanh nghiệp nên lưu trữ hồ sơ để phục vụ kiểm tra sau thông quan, tránh các tranh chấp phát sinh. Bước này đảm bảo tính toàn vẹn của quy trình, giúp doanh nghiệp tiếp tục chuỗi cung ứng mà không gián đoạn.

Quy trình khai báo hải quan không chỉ là thủ tục hành chính mà còn là công cụ kiểm soát rủi ro thương mại, giúp doanh nghiệp tránh các vi phạm pháp luật. Việc áp dụng công nghệ số hóa theo các quy định hiện hành đã rút ngắn thời gian từ hàng giờ xuống chỉ vài phút ở một số trường hợp, thúc đẩy môi trường kinh doanh lành mạnh.

2. Các hình thức khai báo hải quan

Trong quy trình khai báo hải quan, doanh nghiệp có thể lựa chọn các hình thức phù hợp với loại hình kinh doanh và quy mô lô hàng, theo quy định tại Luật Hải quan 2014. Hình thức khai báo điện tử là phổ biến nhất, được thực hiện qua hệ thống VNACCS, giúp tích hợp dữ liệu với các cơ quan liên quan như thuế quan và quản lý thị trường. Điều này không chỉ tăng tốc độ xử lý mà còn giảm chi phí giấy tờ, phù hợp với doanh nghiệp xuất nhập khẩu thường xuyên.

Đối với hình thức khai báo miệng, áp dụng cho hàng hóa giá trị thấp dưới 1 triệu đồng hoặc hành lý cá nhân, quy trình được đơn giản hóa mà không cần tờ khai chính thức, theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP. Tuy nhiên, hình thức này chỉ dành cho các trường hợp đặc biệt và vẫn phải tuân thủ kiểm tra hải quan cơ bản. Doanh nghiệp cần đánh giá kỹ để chọn hình thức phù hợp, tránh nhầm lẫn dẫn đến chậm trễ trong quy trình khai báo hải quan.

Một hình thức khác là khai báo tạm thời, thường dùng cho hàng hóa tái xuất hoặc tạm nhập, yêu cầu cam kết hoàn trả hoặc xử lý sau. Theo Thông tư 38/2015/TT-BTC, hình thức này đòi hỏi bảo lãnh và theo dõi chặt chẽ để đảm bảo tuân thủ. Việc đa dạng hóa hình thức giúp quy trình khai báo hải quan linh hoạt hơn, hỗ trợ doanh nghiệp trong các giao dịch phức tạp như hội chợ hoặc lắp ráp tạm thời. Tổng thể, lựa chọn hình thức đúng sẽ tối ưu hóa hiệu quả thông quan và giảm thiểu rủi ro pháp lý.

>> Đọc thêm: Hướng dẫn cách đăng ký nộp thuế hải quan điện tử mới

3. Hồ sơ và tài liệu cần thiết trong quy trình khai báo hải quan

Hồ sơ là yếu tố cốt lõi trong quy trình khai báo hải quan, phải được chuẩn bị đầy đủ để tránh từ chối hoặc kiểm tra bổ sung. Theo Luật Hải quan 2014, bộ hồ sơ cơ bản bao gồm:

• Tờ khai hải quan (mẫu theo hệ thống điện tử).
• Hóa đơn thương mại và danh mục hàng hóa chi tiết.
• Vận đơn hoặc chứng từ vận tải.
• Chứng nhận xuất xứ (C/O) nếu áp dụng ưu đãi thuế quan.
• Các giấy tờ chuyên ngành như giấy kiểm dịch động thực vật hoặc an toàn thực phẩm.

Nghị định 08/2015/NĐ-CP quy định rõ rằng hồ sơ phải được dịch công chứng nếu bằng ngôn ngữ nước ngoài, đảm bảo tính chính xác trong quy trình khai báo hải quan. Doanh nghiệp nên sử dụng phần mềm quản lý để lưu trữ và cập nhật hồ sơ, tránh mất mát hoặc sai sót.

Việc chuẩn bị hồ sơ kỹ lưỡng không chỉ hỗ trợ quy trình khai báo hải quan suôn sẻ mà còn giúp doanh nghiệp dự báo chi phí thuế quan chính xác hơn. Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp ủy quyền cho đại lý hải quan để xử lý hồ sơ, giảm gánh nặng hành chính và tập trung vào hoạt động kinh doanh cốt lõi.

>> Đọc thêm: Biểu thuế xuất nhập khẩu mới nhất

4. Trách nhiệm và thời hạn trong quy trình khai báo hải quan

Doanh nghiệp chịu trách nhiệm chính trong quy trình khai báo hải quan, bao gồm cung cấp thông tin chính xác và hợp tác với cơ quan hải quan, theo quy định tại Luật Hải quan 2014. Trách nhiệm này bao gồm việc khai báo đúng mã HS, giá trị hàng hóa và các yếu tố ảnh hưởng đến thuế suất, tránh tình trạng trốn thuế hoặc gian lận thương mại. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp phải tự nguyện điều chỉnh trong thời hạn quy định để giảm mức phạt.

Về thời hạn, tờ khai phải được đăng ký trước khi hàng đến cửa khẩu, cụ thể là 30 phút đối với hàng quá cảnh và 24 giờ cho hàng nhập khẩu, theo Thông tư 38/2015/TT-BTC. Thời hạn nộp thuế là 30 ngày kể từ ngày thông quan đối với hầu hết trường hợp, nhưng có thể gia hạn nếu có lý do chính đáng theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP. Việc tuân thủ thời hạn giúp tránh lãi chậm nộp và duy trì uy tín với hải quan, góp phần vào quy trình khai báo hải quan hiệu quả.

Cơ quan hải quan cũng có trách nhiệm xử lý nhanh chóng, thông báo kết quả phân luồng trong vòng 5 giây sau khi nhận tờ khai. Doanh nghiệp cần theo dõi chặt chẽ để xử lý kịp thời các yêu cầu bổ sung, đảm bảo chuỗi logistics không bị gián đoạn. Tổng thể, trách nhiệm song phương giữa doanh nghiệp và hải quan tạo nên một quy trình khai báo hải quan minh bạch và đáng tin cậy, hỗ trợ phát triển kinh tế quốc tế.

5. Câu hỏi thường gặp

Quy trình khai báo hải quan mất bao lâu thời gian?

Thời gian quy trình khai báo hải quan phụ thuộc vào luồng phân loại và độ phức tạp của lô hàng, theo Luật Hải quan 2014. Với luồng xanh, thông quan có thể hoàn tất trong vài phút qua hệ thống điện tử. Luồng vàng mất thêm thời gian kiểm tra hồ sơ, thường dưới 1 giờ, trong khi luồng đỏ có thể kéo dài đến vài ngày do kiểm tra thực tế.

Làm thế nào nếu sai sót trong tờ khai hải quan?

Nếu phát hiện sai sót trong quy trình khai báo hải quan, doanh nghiệp phải thông báo ngay cho hải quan và yêu cầu điều chỉnh theo Thông tư 38/2015/TT-BTC. Sai sót nhỏ như lỗi chính tả có thể sửa miễn phí trước thông quan, nhưng sai sót lớn về giá trị hoặc mã HS có thể dẫn đến phạt từ 20-100% số tiền trốn thuế theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP.

Ai có thể thực hiện khai báo hải quan thay doanh nghiệp?

Doanh nghiệp có thể ủy quyền cho đại lý hải quan hoặc công ty dịch vụ làm thủ tục thay, theo quy định tại Luật Hải quan 2014. Đại lý phải có giấy phép hành nghề và chịu trách nhiệm về tính chính xác của khai báo. Theo Nghị định 08/2015/NĐ-CP, ủy quyền phải bằng văn bản rõ ràng, và doanh nghiệp vẫn chịu trách nhiệm cuối cùng nếu có sai phạm.

Quy trình khai báo hải quan đóng vai trò then chốt trong việc đảm bảo hoạt động xuất nhập khẩu diễn ra suôn sẻ và hợp pháp, giúp doanh nghiệp tránh các rủi ro không đáng có. Để được hỗ trợ chuyên sâu từ chuẩn bị hồ sơ đến xử lý thủ tục, hãy liên hệ Công ty kế toán ACC ngay hôm nay. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẵn sàng đồng hành, giúp bạn tối ưu hóa quy trình khai báo hải quan một cách hiệu quả nhất.