Thẩm quyền cấp giấy phép môi trường là một trong những nội dung quan trọng hàng đầu mà doanh nghiệp cần nắm rõ trước khi triển khai dự án đầu tư, bởi việc xác định đúng cơ quan có thẩm quyền sẽ giúp quá trình xin cấp phép diễn ra thuận lợi, tiết kiệm thời gian và chi phí. Bài viết dưới đây sẽ phân tích chi tiết các quy định pháp lý hiện hành, giúp bạn đọc có cái nhìn tổng quan và chính xác nhất về vấn đề này, cùng Công ty dịch vụ kế toán ACC tìm hiểu sâu hơn.

1. Quy định về thẩm quyền cấp giấy phép môi trường

Theo Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các văn bản hướng dẫn, thẩm quyền cấp giấy phép môi trường được xác định theo quy định về thẩm quyền cấp giấy phép môi trường, kết hợp với tính chất, quy mô, phạm vi và đặc điểm của dự án, cơ sở. Căn cứ pháp lý quan trọng về thẩm quyền là Điều 41 Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các quy định phân định, phân cấp thẩm quyền đang có hiệu lực.

Do pháp luật về tổ chức chính quyền địa phương và phân định thẩm quyền đã có những thay đổi, không nên sử dụng cách phân cấp cũ theo mô hình Bộ Tài nguyên và Môi trường – UBND cấp tỉnh – UBND cấp huyện cho các thủ tục thực hiện từ năm 2026. Cơ quan có thẩm quyền cần được xác định theo quy định hiện hành tại thời điểm thực hiện thủ tục.

Đồng thời, cần phân biệt giữa đối tượng phải có giấy phép môi trường và cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép. Việc dự án thuộc nhóm I, II hoặc III chủ yếu liên quan đến việc phân loại dự án theo mức độ tác động đến môi trường; không thể chỉ căn cứ vào nhóm dự án để kết luận cơ quan nào có thẩm quyền cấp giấy phép. Do đó, khi xác định thẩm quyền, doanh nghiệp cần đối chiếu đồng thời loại dự án, quy mô, phạm vi tác động và các quy định phân định thẩm quyền cấp phép hiện hành.

2. Các trường hợp được ủy quyền cấp giấy phép môi trường

Thẩm quyền cấp giấy phép môi trường được xác định theo Điều 41 Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các quy định phân định, phân cấp thẩm quyền đang có hiệu lực. Do đó, cần phân biệt giữa phân định thẩm quyền với ủy quyền thực hiện nhiệm vụ. Việc một cơ quan khác thực hiện một số công việc trong quá trình giải quyết thủ tục không đồng nghĩa với việc thẩm quyền cấp giấy phép được chuyển giao một cách mặc nhiên.

Trong quá trình thực hiện thủ tục, việc ủy quyền chỉ được thực hiện khi có căn cứ pháp luật cụ thể và phải tuân thủ điều kiện, phạm vi, hình thức ủy quyền theo quy định. Do đó, không nên khẳng định chung rằng Bộ Tài nguyên và Môi trường có thể ủy quyền cho UBND cấp tỉnh cấp giấy phép môi trường đối với các dự án quy mô vừa, dự án trong khu công nghiệp hoặc khu chế xuất.

Đối với doanh nghiệp, khi thực hiện thủ tục cấp giấy phép môi trường cần xác định đúng cơ quan có thẩm quyền tại thời điểm nộp hồ sơ dựa trên loại dự án, quy mô, phạm vi và các tiêu chí phân định thẩm quyền theo pháp luật hiện hành. Đặc biệt, các quy định về tổ chức chính quyền địa phương và phân định thẩm quyền đã có thay đổi, vì vậy không nên áp dụng máy móc cơ chế ủy quyền theo các quy định hoặc cách phân cấp trước đây.

Xem thêm: Giấy xác nhận hoàn thành công trình bảo vệ môi trường mới

3. Hồ sơ và trình tự thực hiện thủ tục cấp giấy phép môi trường

Để được cấp giấy phép môi trường, tổ chức, cá nhân cần chuẩn bị một bộ hồ sơ đầy đủ và hợp lệ theo quy định. Hồ sơ đề nghị cấp giấy phép môi trường bao gồm các thành phần chính sau:

• Văn bản đề nghị cấp giấy phép môi trường theo mẫu quy định.
• Báo cáo đề xuất cấp giấy phép môi trường, trong đó bao gồm các nội dung về thông tin chung của dự án, đánh giá hiện trạng môi trường, các công trình bảo vệ môi trường và phương án vận hành thử nghiệm.
• Các tài liệu pháp lý liên quan đến dự án như giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, quyết định phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường (nếu có).
• Bản sao các giấy tờ chứng minh quyền sử dụng đất hoặc hợp đồng thuê đất của dự án.

Quy trình thực hiện thủ tục cấp giấy phép môi trường được thực hiện theo các bước cụ thể như sau:

Bước 1: Chuẩn bị và nộp hồ sơ

Tổ chức, cá nhân chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định và nộp tại cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép môi trường. Hồ sơ có thể được nộp trực tiếp tại trụ sở cơ quan hoặc qua đường bưu điện hoặc qua hệ thống dịch vụ công trực tuyến nếu địa phương đã triển khai. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan tiếp nhận có trách nhiệm kiểm tra tính đầy đủ và hợp lệ của hồ sơ. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ hoặc không hợp lệ, cơ quan tiếp nhận phải thông báo bằng văn bản cho tổ chức, cá nhân để hoàn thiện hồ sơ theo quy định.

Bước 2: Thẩm định hồ sơ và khảo sát thực địa

Sau khi nhận được hồ sơ hợp lệ, cơ quan có thẩm quyền tiến hành thẩm định nội dung hồ sơ và tổ chức khảo sát thực địa (nếu cần thiết) để kiểm tra, xác minh các thông tin mà chủ dự án đã kê khai. Việc khảo sát thực địa nhằm đánh giá chính xác hiện trạng môi trường, kiểm tra sự phù hợp giữa nội dung hồ sơ với thực tế triển khai dự án.

Trong quá trình thẩm định, cơ quan có thẩm quyền có thể yêu cầu chủ dự án cung cấp thêm các tài liệu, số liệu cần thiết để phục vụ cho việc đánh giá. Thời gian thẩm định được quy định cụ thể tại Nghị định số 08/2022/NĐ-CP, thông thường không quá 45 ngày làm việc đối với các dự án thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Bước 3: Tham vấn ý kiến và lấy ý kiến các bên liên quan

Đối với một số loại dự án có tác động đến cộng đồng dân cư hoặc các đối tượng liên quan, cơ quan có thẩm quyền có thể tổ chức tham vấn ý kiến của cộng đồng dân cư nơi thực hiện dự án, các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan. Việc tham vấn này nhằm đảm bảo tính khách quan, minh bạch và huy động sự tham gia của cộng đồng trong công tác bảo vệ môi trường. Kết quả tham vấn sẽ được tổng hợp và xem xét trong quá trình quyết định cấp phép. Thời gian tham vấn được thực hiện trong khoảng thời gian thẩm định hồ sơ, không kéo dài thêm thời gian xử lý hồ sơ.

Bước 4: Quyết định cấp giấy phép môi trường

Căn cứ vào kết quả thẩm định hồ sơ, kết quả khảo sát thực địa và ý kiến tham vấn (nếu có), cơ quan có thẩm quyền sẽ xem xét và quyết định việc cấp giấy phép môi trường cho dự án. Trường hợp hồ sơ đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định, cơ quan có thẩm quyền sẽ ban hành giấy phép môi trường cho chủ dự án.

Trường hợp không đủ điều kiện cấp phép, cơ quan có thẩm quyền phải có văn bản trả lời nêu rõ lý do và hướng dẫn chủ dự án khắc phục, hoàn thiện để nộp lại hồ sơ. Giấy phép môi trường được cấp có thời hạn theo quy định và phải được công bố công khai trên cổng thông tin điện tử của cơ quan cấp phép.

Xem thêm: Quy định về giấy phép xả thải ra môi trường hiện nay

4. Điều kiện và thời hạn của giấy phép môi trường

Việc cấp giấy phép môi trường được thực hiện theo các nguyên tắc và điều kiện quy định tại Luật Bảo vệ môi trường 2020 và các văn bản hướng dẫn thi hành. Cơ quan có thẩm quyền xem xét nội dung hồ sơ, các công trình và biện pháp bảo vệ môi trường, nguồn phát sinh chất thải, công trình xử lý chất thải và các yêu cầu bảo vệ môi trường có liên quan để quyết định việc cấp giấy phép. Do đó, không nên mặc định rằng mọi dự án đều phải đáp ứng một bộ điều kiện riêng về năng lực tài chính hoặc nhân sự nếu pháp luật không quy định cụ thể đối với trường hợp đó.

Thời hạn của giấy phép môi trường được quy định tại Điều 40 Luật Bảo vệ môi trường 2020 và được xác định tùy theo loại dự án, cơ sở và trường hợp cụ thể. Không nên áp dụng cách tính chung “10 năm đối với dự án nhóm I, 07 năm đối với nhóm II và 05 năm đối với nhóm III”. Thời hạn cụ thể được ghi trong giấy phép và có thể được xác định ngắn hơn trong những trường hợp pháp luật cho phép hoặc theo đề nghị của chủ dự án, cơ sở.

Trong quá trình hoạt động, nếu có thay đổi làm ảnh hưởng đến nội dung giấy phép hoặc thuộc trường hợp phải thực hiện thủ tục cấp lại, điều chỉnh giấy phép, chủ dự án, cơ sở phải thực hiện thủ tục tương ứng theo quy định pháp luật. Khi giấy phép hết thời hạn, việc tiếp tục hoạt động phải bảo đảm có giấy phép còn hiệu lực hoặc đã hoàn thành thủ tục pháp lý tương ứng theo quy định hiện hành.

5. Câu hỏi thường gặp

Dự án nằm trên địa bàn nhiều tỉnh thì cơ quan nào có thẩm quyền cấp giấy phép môi trường?

Theo quy định tại Luật Bảo vệ môi trường 2020 và Nghị định số 08/2022/NĐ-CP, đối với các dự án nằm trên địa bàn từ hai tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trở lên, thẩm quyền cấp giấy phép môi trường thuộc về Bộ Tài nguyên và Môi trường. Trong trường hợp dự án nằm trên địa bàn nhiều tỉnh nhưng có quy mô nhỏ, thuộc nhóm III, thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh nơi dự án có trụ sở chính hoặc nơi thực hiện hoạt động chính sẽ chịu trách nhiệm cấp phép sau khi có sự thống nhất với các địa phương liên quan.

Giấy phép môi trường có thời hạn bao lâu và có thể gia hạn được không?

Thời hạn của giấy phép môi trường được quy định cụ thể tại Nghị định số 08/2022/NĐ-CP, tối đa là 10 năm đối với dự án nhóm I, 07 năm đối với dự án nhóm II và 05 năm đối với dự án nhóm III. Giấy phép môi trường hoàn toàn có thể được gia hạn nếu chủ dự án có nhu cầu tiếp tục hoạt động sau khi giấy phép hết hạn.

Trường hợp dự án đã có giấy phép môi trường nhưng muốn thay đổi quy mô, công suất thì xử lý như thế nào?

Khi có nhu cầu thay đổi quy mô, công suất hoặc các nội dung khác liên quan đến giấy phép môi trường đã được cấp, chủ dự án phải thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy phép môi trường theo quy định tại Nghị định số 08/2022/NĐ-CP.

Việc nắm vững các quy định về Thẩm quyền cấp giấy phép môi trường là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng pháp luật, tránh các rủi ro pháp lý không đáng có trong quá trình hoạt động. Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết hơn về thủ tục này hoặc các vấn đề pháp lý liên quan, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC để được tư vấn và đồng hành.