Thanh tra thuế kiểm tra những gì là vấn đề được nhiều doanh nghiệp quan tâm khi nhận được thông báo từ cơ quan thuế. Thủ tục này giúp đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế và tránh các rủi ro pháp lý. Hiểu rõ nội dung kiểm tra sẽ giúp doanh nghiệp chuẩn bị tốt hơn. Cùng Công ty dịch vụ kế toán ACC tìm hiểu chi tiết.

1. Quy định về thanh tra thuế theo Luật Quản lý thuế 2025

Theo Luật Quản lý thuế 2025, thanh tra thuế là hoạt động của cơ quan thuế nhằm kiểm tra, đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế của tổ chức, cá nhân và các đơn vị có liên quan. Các quy định hướng dẫn Luật Quản lý thuế 2025 nêu rõ về thẩm quyền, đối tượng, phạm vi, trình tự và thủ tục tiến hành thanh tra nhằm bảo đảm tính minh bạch, khách quan trong quá trình thực hiện.

Doanh nghiệp cần nắm vững các quy định này để chủ động chuẩn bị hồ sơ, phối hợp với cơ quan thuế và kịp thời khắc phục các sai sót (nếu có). Việc tuân thủ đúng Luật Quản lý thuế 2025 không chỉ giúp hạn chế các khoản xử phạt mà còn giảm thiểu rủi ro pháp lý và tạo điều kiện thuận lợi trong hoạt động sản xuất, kinh doanh.

2. Các đối tượng thường bị thanh tra thuế

Cơ quan thuế thường ưu tiên thanh tra các doanh nghiệp có doanh thu lớn, kê khai thuế bất thường, phát sinh giao dịch có dấu hiệu rủi ro hoặc hoạt động trong những lĩnh vực có nguy cơ thất thu thuế cao. Theo các quy định hướng dẫn Luật Quản lý thuế, việc lựa chọn đối tượng thanh tra được thực hiện trên cơ sở phân tích dữ liệu, đánh giá mức độ tuân thủ và áp dụng các tiêu chí quản lý rủi ro.

Bên cạnh đó, các doanh nghiệp mới thành lập, thường xuyên điều chỉnh hồ sơ khai thuế hoặc từng có tiền sử vi phạm pháp luật về thuế cũng có khả năng được đưa vào kế hoạch thanh tra. Việc hiểu rõ các tiêu chí này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động rà soát hồ sơ, nâng cao mức độ tuân thủ và giảm thiểu rủi ro trong quá trình hoạt động.

Xem thêm: Kiểm tra viên trung cấp thuế là ai?

3. Thanh tra thuế kiểm tra những gì?

Thanh tra thuế chủ yếu tập trung vào hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán của doanh nghiệp nhằm đánh giá việc thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra tính chính xác của doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế, các khoản được khấu trừ, miễn giảm (nếu có) và số thuế đã kê khai, nộp vào ngân sách nhà nước.

Bên cạnh đó, việc tuân thủ quy định về hóa đơn điện tử theo Luật Quản lý thuế 2025 cũng là một nội dung được rà soát kỹ. Đối với một số doanh nghiệp, cơ quan thuế còn xem xét các giao dịch liên kết, việc khấu trừ và hoàn thuế GTGT, nghĩa vụ thuế đối với người lao động cũng như các chứng từ liên quan. Vì vậy, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, lưu trữ tài liệu khoa học và sẵn sàng giải trình khi được yêu cầu để quá trình thanh tra diễn ra thuận lợi.

Xem thêm: Thời hạn kiểm tra thuế tối đa là bao nhiêu ngày?

4. Cách chuẩn bị hồ sơ khi bị thanh tra thuế

Khi nhận được quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp nên chủ động rà soát và sắp xếp hồ sơ theo từng năm tài chính, đồng thời phân loại các tài liệu như tờ khai thuế, báo cáo tài chính, hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán để thuận tiện cho việc đối chiếu. Theo các quy định hướng dẫn Luật Quản lý thuế, doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế trong thời hạn quy định.

Trước khi làm việc với đoàn thanh tra, cần kiểm tra tính thống nhất giữa báo cáo tài chính, tờ khai thuế và các chứng từ liên quan để kịp thời phát hiện, xử lý những sai sót. Việc chủ động điều chỉnh các lỗi (nếu đủ điều kiện theo quy định) và chuẩn bị đầy đủ tài liệu giải trình sẽ giúp giảm thiểu rủi ro, hạn chế các khoản truy thu hoặc xử phạt phát sinh trong quá trình thanh tra.

5. Câu hỏi thường gặp

Thanh tra thuế có thể kéo dài bao lâu?

Theo Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn thanh tra thường không quá 30 ngày làm việc, có thể gia hạn thêm nếu cần thu thập thêm chứng cứ. Doanh nghiệp cần phối hợp chặt chẽ để tránh kéo dài không cần thiết.

Doanh nghiệp có quyền khiếu nại kết luận thanh tra không?

Doanh nghiệp được quyền khiếu nại nếu không đồng ý với kết luận theo quy định của Nghị định hướng dẫn Luật Quản lý thuế. Thủ tục khiếu nại phải thực hiện trong thời hạn luật định để bảo vệ quyền lợi hợp pháp.

Thanh tra thuế khác kiểm tra thuế ở điểm nào?

Thanh tra thuế mang tính toàn diện và sâu hơn so với kiểm tra thuế thông thường, tập trung vào nhiều khía cạnh theo Luật Quản lý thuế 2025. Kiểm tra thường chỉ xem xét một số nội dung cụ thể trong thời gian ngắn.

Thanh tra thuế kiểm tra những gì đòi hỏi doanh nghiệp phải chuẩn bị kỹ lưỡng từ khâu lưu trữ hồ sơ đến việc giải trình số liệu. Việc nắm rõ nội dung kiểm tra theo Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định hướng dẫn Luật Quản lý thuế giúp giảm thiểu rủi ro. Doanh nghiệp nên tham khảo ý kiến chuyên gia để xử lý hiệu quả. Liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC để được hỗ trợ chi tiết về thanh tra thuế kiểm tra những gì và các vấn đề thuế khác.