Thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử là nghiệp vụ không thể thiếu khi doanh nghiệp gặp sai sót trong lập hóa đơn, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và tính minh bạch của kế toán. Cùng Công ty dịch vụ kế toán ACC tìm hiểu quy trình, hồ sơ và những lưu ý pháp lý quan trọng để tránh rủi ro không đáng có.

1. Thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử

Thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử là tập hợp các bước kỹ thuật và pháp lý mà người bán và người mua phối hợp thực hiện nhằm khắc phục sai sót của hóa đơn điện tử đã phát hành. Dưới đây là các bước cụ thể trong thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử.

Bước 1: Xác định sai sót và phân loại điều chỉnh

Doanh nghiệp cần rà soát toàn bộ nội dung hóa đơn điện tử gốc như thông tin định danh, mặt hàng, số lượng, đơn giá, thuế suất, tiền thuế… để phát hiện lỗi. Mỗi sai sót được phân loại thành làm tăng hoặc giảm nghĩa vụ thuế, từ đó xác định phương thức lập hóa đơn điều chỉnh tương ứng: điều chỉnh tăng hay giảm.

Bước 2: Thông báo và thỏa thuận với người mua

Ngay khi phát hiện lỗi, bên bán phải thông báo bằng văn bản điện tử hoặc giấy cho bên mua, nêu rõ nội dung sai sót và đề xuất điều chỉnh. Sự đồng thuận của hai bên là điều kiện tiên quyết để thực hiện các bước tiếp theo, giúp tránh tranh chấp và đảm bảo căn cứ pháp lý cho biên bản điều chỉnh.

Bước 3: Lập biên bản xác nhận điều chỉnh hóa đơn

Hai bên cùng lập biên bản ghi nhận chi tiết thông tin hóa đơn gốc (số, ký hiệu, ngày phát hành), nội dung sai sót, nội dung điều chỉnh và cam kết thực hiện. Biên bản phải có đầy đủ chữ ký điện tử hoặc chữ ký tươi của đại diện hợp pháp, là tài liệu quan trọng để giải trình với cơ quan thuế khi cần.

Bước 4: Lập hóa đơn điện tử điều chỉnh

Căn cứ biên bản, người bán phát hành hóa đơn điện tử điều chỉnh trên phần mềm hóa đơn đã đăng ký với cơ quan thuế. Nội dung bắt buộc phải bao gồm dòng chữ “Điều chỉnh cho hóa đơn số… ký hiệu… ngày…”, số tiền chênh lệch (ghi rõ tăng/giảm) và các thông tin khác theo quy định tại Điều 19 Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Hóa đơn điều chỉnh được ký số bởi người bán và phải có mã của cơ quan thuế (đối với hóa đơn có mã) hoặc gửi dữ liệu ngay.

Bước 5: Gửi hóa đơn điều chỉnh và kê khai thuế

Sau khi lập, hóa đơn điều chỉnh được gửi cho người mua và truyền dữ liệu đến hệ thống thuế điện tử chậm nhất trong 24 giờ kể từ thời điểm ký số. Tiếp theo, doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung vào kỳ tính thuế phát sinh sai sót hoặc kỳ tính thuế hiện tại theo hướng dẫn tại Thông tư 91/2026/TT-BTC. Nếu điều chỉnh làm tăng doanh thu, phải nộp bổ sung tiền thuế và tiền chậm nộp (nếu có); ngược lại nếu giảm, được khấu trừ hoặc hoàn thuế.

2. Khi nào cần thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử?

Căn cứ Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn điện tử đã lập chỉ được điều chỉnh khi thuộc một trong các trường hợp sau:

• Thông tin định danh người mua hoặc người bán bị sai lệch (mã số thuế, tên, địa chỉ) làm ảnh hưởng đến xác định nghĩa vụ thuế.
• Sai mặt hàng, đơn vị tính, số lượng, đơn giá, thành tiền, thuế suất hoặc tiền thuế.
• Hóa đơn bị lập trùng lặp cho cùng một giao dịch.
• Người mua trả lại hàng hoặc hủy bỏ dịch vụ sau khi đã nhận hóa đơn.
• Sai sót phát sinh từ lỗi phần mềm, hệ thống nhưng làm thay đổi giá trị thuế.
• Hóa đơn chưa bị cơ quan thuế, cơ quan chức năng phát hiện và xử lý vi phạm.

Xem thêm: Có bắt buộc chuyển đổi hóa đơn điện tử không?

3. Nguyên tắc lập hóa đơn điều chỉnh

Doanh nghiệp cần tuân thủ các nguyên tắc được quy định tại Điều 19, 20 Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC:

• Hóa đơn điều chỉnh không thay thế hay hủy bỏ hóa đơn gốc mà chỉ bổ sung, sửa đổi những nội dung sai.
• Phải có biên bản thỏa thuận hoặc xác nhận bằng phương thức điện tử giữa người mua và người bán trước khi lập hóa đơn.
• Nội dung điều chỉnh phải ghi rõ “Điều chỉnh tăng/giảm số tiền…”, kèm thông tin tham chiếu đến hóa đơn gốc.
• Thời điểm lập: nếu sai sót làm tăng nghĩa vụ thuế, lập ngay trong ngày phát hiện; nếu làm giảm, lập vào kỳ kê khai phát sinh sai sót hoặc kỳ hiện tại.
• Dữ liệu hóa đơn điều chỉnh phải được truyền lên hệ thống của Tổng cục Thuế trong thời hạn 24 giờ, tránh chậm trễ gây phạt vi phạm hành chính.
• Đối với hóa đơn có mã của cơ quan thuế, hóa đơn điều chỉnh cũng phải có mã tương ứng.

Xem thêm: Mẫu thông báo điều chỉnh hóa đơn

4. Hồ sơ cần chuẩn bị khi thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp cần tập hợp các tài liệu sau:

• Hóa đơn điện tử gốc dưới dạng file XML, PDF hoặc bản thể hiện có mã cục thuế.
• Biên bản xác nhận sai sót giữa bên bán và bên mua, thể hiện rõ nội dung điều chỉnh và có chữ ký hợp pháp.
• Hợp đồng kinh tế, phụ lục hợp đồng (nếu điều chỉnh liên quan đến giá trị giao dịch).
• Chứng từ giao dịch kèm theo: phiếu xuất kho, biên bản giao nhận hàng hóa, giấy báo có/báo nợ.
• Đối với trường hợp trả lại hàng: biên bản trả hàng hoặc hủy dịch vụ có xác nhận của hai bên.
• Giấy ủy quyền (nếu người thực hiện không phải là người đại diện theo pháp luật).

5. Chi phí thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử

Các khoản chi phí thường gặp:

• Phí phát hành hóa đơn điều chỉnh: Nhiều nhà cung cấp phần mềm tính thêm phí cho mỗi lần phát sinh hóa đơn mới, dao động theo gói dịch vụ.
• Phí dịch vụ kế toán: Nếu doanh nghiệp thuê đơn vị bên ngoài hỗ trợ lập biên bản, kê khai bổ sung và giải trình với cơ quan thuế, chi phí này sẽ phát sinh theo thỏa thuận.
• Tiền phạt hành chính: Trường hợp sai sót bị phát hiện sau thời hạn quy định, doanh nghiệp có thể bị xử phạt về hành vi vi phạm hóa đơn, với mức phạt tăng dần theo mức độ và số lần vi phạm. Chủ động điều chỉnh kịp thời giúp tránh hoàn toàn khoản phí này.
• Chi phí cơ hội: Thời gian giải quyết thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử có thể làm gián đoạn hoạt động kinh doanh, đặc biệt khi cần điều chỉnh nhiều hóa đơn trong kỳ báo cáo.

6. Lý do nên sử dụng dịch vụ tại Công ty dịch vụ kế toán ACC khi thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử

Hợp tác cùng Công ty dịch vụ kế toán ACC mang lại những lợi ích vượt trội:

• Tiết kiệm chi phí: ACC tối ưu quy trình, giảm thiểu sai sót dẫn đến phạt hành chính, đồng thời hạn chế chi phí phát hành hóa đơn không cần thiết.
• Đội ngũ chuyên gia: Với các chuyên viên kế toán am hiểu sâu về hóa đơn điện tử, cập nhật liên tục các văn bản pháp luật mới, ACC đảm bảo hồ sơ được xử lý chính xác, nhanh chóng.
• Tư vấn chuyên sâu: ACC không chỉ thực hiện thủ tục mà còn phân tích nguyên nhân gốc rễ, tư vấn giải pháp phòng ngừa sai sót cho các kỳ kế toán tiếp theo.
• Hỗ trợ toàn diện: Từ lập biên bản, phát hành hóa đơn điều chỉnh đến kê khai bổ sung và làm việc với cơ quan thuế, ACC đồng hành cùng doanh nghiệp trong mọi tình huống phát sinh.

7. Câu hỏi thường gặp

Thời gian giải quyết thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử thông thường mất bao lâu?

Với trường hợp đơn giản, doanh nghiệp có thể hoàn tất việc lập và gửi hóa đơn điều chỉnh trong vòng 24 giờ. Tuy nhiên, khâu kê khai bổ sung và xác nhận từ cơ quan thuế có thể mất thêm 1 – 3 ngày làm việc, nhất là khi cần đối chiếu dữ liệu.

Nếu sai sót không ảnh hưởng đến tiền thuế, có cần lập biên bản điều chỉnh không?

Theo quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC, mọi trường hợp điều chỉnh hóa đơn đều cần sự thỏa thuận giữa người mua và người bán. Biên bản là bằng chứng pháp lý quan trọng, giúp minh bạch thông tin và bảo vệ doanh nghiệp khi cơ quan thuế thanh tra.

Hóa đơn đã gửi cơ quan thuế nhưng chưa giao cho người mua thì điều chỉnh thế nào?

Trường hợp này, dữ liệu hóa đơn đã được hệ thống thuế ghi nhận nên doanh nghiệp vẫn phải thực hiện thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử. Nếu sai sót làm thay đổi nghĩa vụ thuế, lập hóa đơn điều chỉnh và gửi lại người mua.

Thủ tục điều chỉnh hóa đơn điện tử yêu cầu tuân thủ chặt chẽ từ khâu phát hiện sai sót, thỏa thuận với đối tác đến lập chứng từ và kê khai thuế. Để đảm bảo mọi quy trình diễn ra chính xác, tiết kiệm thời gian và chi phí, liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC ngay hôm nay để nhận hỗ trợ chuyên nghiệp và giải pháp phù hợp nhất.