Xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh đóng vai trò then chốt trong việc đảm bảo minh bạch tài chính và tuân thủ nghĩa vụ thuế khi các đơn vị tham gia liên danh thực hiện hợp đồng. Việc thực hiện đúng quy định giúp các nhà thầu tránh rủi ro pháp lý và tối ưu hóa dòng tiền. Cùng Công ty dịch vụ kế toán ACC tìm hiểu chi tiết để áp dụng hiệu quả.

1. Quy định về xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh

Theo Luật Đấu thầu 2023, nhà thầu liên danh phải thực hiện xuất hóa đơn giá trị gia tăng cho phần công việc mình đảm nhận dựa trên tỷ lệ phân chia trong hợp đồng liên danh. Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định rõ rằng mỗi thành viên liên danh chịu trách nhiệm xuất hóa đơn riêng cho giá trị khối lượng hoàn thành, không được gộp chung thành một hóa đơn duy nhất trừ khi có thỏa thuận đặc biệt và được cơ quan thuế chấp thuận. Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn chi tiết về thời điểm xuất hóa đơn, yêu cầu ghi rõ tên, mã số thuế của từng thành viên liên danh trên hóa đơn để phản ánh đúng quyền lợi và nghĩa vụ của các bên.

Việc tuân thủ các quy định này giúp nhà thầu liên danh duy trì hồ sơ kế toán minh bạch, đồng thời tạo cơ sở pháp lý vững chắc khi thanh tra thuế hoặc giải quyết tranh chấp hợp đồng. Các doanh nghiệp cần lưu ý rằng hóa đơn phải thể hiện đúng nội dung công việc, đơn giá và thành tiền tương ứng với phần việc của từng thành viên để tránh bị coi là xuất hóa đơn sai quy định.

2. Ý nghĩa của việc xuất hóa đơn đúng quy định cho nhà thầu liên danh

Xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh đúng quy định không chỉ đáp ứng yêu cầu pháp lý mà còn hỗ trợ quản lý dòng tiền hiệu quả giữa các thành viên. Khi mỗi bên xuất hóa đơn riêng theo tỷ lệ phân chia, doanh thu và chi phí được hạch toán chính xác, giảm thiểu rủi ro bị truy thu thuế hoặc phạt vi phạm hành chính.

Luật Đấu thầu 2023 nhấn mạnh nguyên tắc minh bạch trong đấu thầu và thực hiện hợp đồng, trong đó hóa đơn là chứng từ quan trọng chứng minh giá trị thực hiện. Nghị định 254/2026/NĐ-CP bổ sung các chế tài xử phạt đối với trường hợp xuất hóa đơn không đúng tỷ lệ hoặc thiếu thông tin thành viên liên danh. Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định thêm về việc lưu trữ hóa đơn điện tử, yêu cầu các bên liên danh phải đồng bộ dữ liệu để cơ quan thuế kiểm tra dễ dàng. Việc tuân thủ giúp nhà thầu liên danh xây dựng uy tín với chủ đầu tư và đối tác, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi khi tham gia các gói thầu tiếp theo.

Xem thêm: Xuất hóa đơn nhân công như thế nào?

3. Những sai sót thường gặp khi xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh

Nhiều nhà thầu liên danh thường mắc lỗi xuất hóa đơn gộp toàn bộ giá trị hợp đồng mà không phân tách theo tỷ lệ công việc của từng thành viên, dẫn đến vi phạm quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Một sai sót phổ biến khác là không ghi rõ thông tin mã số thuế và tên đầy đủ của các thành viên liên danh trên hóa đơn, khiến hóa đơn bị coi là không hợp lệ theo hướng dẫn của Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Ngoài ra, một số đơn vị xuất hóa đơn trước khi hoàn thành nghiệm thu khối lượng hoặc chậm xuất hóa đơn sau khi có biên bản nghiệm thu, vi phạm quy định về thời điểm xuất hóa đơn trong Luật Đấu thầu 2023. Sai sót về đơn giá, thành tiền không khớp với hợp đồng liên danh cũng dễ dẫn đến tranh chấp nội bộ giữa các thành viên. Để hạn chế các vấn đề này, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ tỷ lệ phân chia công việc trước khi lập hóa đơn và phối hợp chặt chẽ giữa các bên liên danh.

Xem thêm: Hàng ký gửi có phải xuất hóa đơn không?

4. Lưu ý khi thực hiện xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh

Nhà thầu liên danh cần thống nhất tỷ lệ phân chia công việc ngay từ khi ký hợp đồng và cập nhật nếu có thay đổi để làm căn cứ xuất hóa đơn. Mỗi thành viên phải sử dụng hóa đơn điện tử hợp pháp và đảm bảo nội dung hóa đơn phản ánh đúng phần việc mình thực hiện theo quy định của Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Việc phối hợp giữa các thành viên liên danh trong việc lập và gửi hóa đơn cho chủ đầu tư cần được thực hiện đồng bộ để tránh sai lệch số liệu. Doanh nghiệp cũng nên thường xuyên rà soát các quy định mới từ Luật Đấu thầu 2023 và Nghị định 254/2026/NĐ-CP để điều chỉnh quy trình nội bộ kịp thời. Lưu trữ đầy đủ chứng từ liên quan như biên bản nghiệm thu, hợp đồng liên danh là yếu tố quan trọng giúp bảo vệ quyền lợi khi có thanh tra.

5. Câu hỏi thường gặp

Nhà thầu liên danh có được xuất chung một hóa đơn cho toàn bộ giá trị hợp đồng không?

Theo quy định hiện hành, mỗi thành viên liên danh phải xuất hóa đơn riêng cho phần công việc mình đảm nhận. Việc xuất chung chỉ được chấp nhận trong trường hợp đặc biệt và phải được cơ quan thuế phê duyệt trước, đồng thời phải ghi rõ tỷ lệ phân chia trên hóa đơn để đảm bảo minh bạch.

Thời điểm xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh được tính từ khi nào?

Thời điểm xuất hóa đơn được xác định theo ngày nghiệm thu khối lượng hoàn thành hoặc ngày nhận thanh toán theo hợp đồng. Các thành viên liên danh cần tuân thủ đúng mốc thời gian này để tránh vi phạm quy định về xuất hóa đơn và đảm bảo quyền lợi thuế.

Hồ sơ cần chuẩn bị khi xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh gồm những gì?

Hồ sơ bao gồm hợp đồng liên danh, biên bản nghiệm thu khối lượng, bảng phân chia tỷ lệ công việc và hóa đơn điện tử đã lập. Các tài liệu này phải được lưu trữ đầy đủ để phục vụ công tác kiểm tra của cơ quan thuế và giải quyết các vấn đề phát sinh sau này.

Xuất hóa đơn cho nhà thầu liên danh đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro pháp lý và tối ưu hóa hoạt động tài chính. Hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC ngay hôm nay để được tư vấn chi tiết và hỗ trợ thực hiện thủ tục chuyên nghiệp.