Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Nguyên nhân của lỗi khi tra soát

Lỗi "mã cơ quan thu không thuộc quản lý của cơ quan thuế tiếp nhận" thường xảy ra khi người nộp thuế thực hiện tra soát tại cơ quan thuế không có thẩm quyền quản lý thuế giá trị gia tăng (GTGT) quý 4/2025 đã được nộp vào.

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019, việc nộp thuế sai cơ quan thu dẫn đến khoản nộp không được ghi nhận đúng vào tài khoản của người nộp thuế, và tra soát phải được thực hiện tại cơ quan thuế có thẩm quyền để xác minh và điều chỉnh.

Thông tư 94/2025/TT-BTC quy định rõ thủ tục tra soát nộp thừa hoặc sai sót, yêu cầu nộp hồ sơ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế hoặc cơ quan nhận nộp ban đầu nếu có tranh chấp quản lý.

Anh/Chị cần xác định chính xác mã cơ quan thu đúng dựa trên địa bàn đăng ký kinh doanh để tránh nộp sai nơi tiếp theo.

Quy trình tra soát và điều chỉnh nộp sai cơ quan thu

Xem thêm: Anh chị cho em hỏi: năm 2025 bên em có làm thay đổi giấy phép kinh doanh (tăng vốn điều lệ, nhưng không làm thay đổi bậc thuế). Năm 2020 bên em nộp tờ khai môn bài lần đầu (chính thức) theo Nghị định 139/2016. Giờ bên em tính nộp lại tờ khai môn bài chính thức theo Thông tư 19/2021, sau khi được chấp nhận, sẽ nộp bổ sung -> Nhưng khi nộp tờ khai bị từ chối. Anh chị chỉ em, giờ phải làm sao để nộp được tờ khai môn bài (bổ sung); do tăng vốn điều lệ, không thay đổi bậc thuế ạ?

Để khắc phục, Anh/Chị cần thực hiện tra soát nộp thừa do nộp sai cơ quan theo quy trình tại Thông tư 94/2025/TT-BTC. Quy trình được chia thành các bước cụ thể sau

Bước 1: Xác định cơ quan thuế có thẩm quyền

Trước tiên, kiểm tra mã cơ quan thu đúng trên hệ thống iHTKK hoặc eTax dựa trên địa chỉ trụ sở chính của doanh nghiệp theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Nếu mã cơ quan thu ban đầu không thuộc quản lý của cơ quan Anh/Chị đang tra soát, chuyển hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp

Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ tra soát

Hồ sơ bao gồm:

• Văn bản đề nghị tra soát nộp thừa
• Bản sao chứng từ nộp tiền (biên lai nộp thuế hoặc sao kê ngân hàng).
• Bản sao tờ khai thuế GTGT quý 4/2025 và các chứng từ liên quan chứng minh nghĩa vụ thuế.
• Giấy ủy quyền nếu ủy thác cho người khác thực hiện.

Hồ sơ phải được lập đầy đủ, chính xác để cơ quan thuế xác minh nhanh chóng, tránh phát sinh phạt chậm nộp từ 0,03%/ngày trên số tiền chậm (theo Luật Quản lý thuế 2019).

Bước 3: Nộp hồ sơ và theo dõi kết quả

Xem thêm: Bên em mua quà tết để tặng công nhân thì em có cần xuất hoá đơn và xuất như nào?

Nộp hồ sơ trực tiếp hoặc qua hệ thống điện tử tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra, đối chiếu dữ liệu trong vòng 10 ngày làm việc và thông báo kết quả bằng văn bản. Nếu xác nhận nộp thừa, khoản tiền sẽ được hoàn hoặc khấu trừ vào kỳ sau; nếu có sai sót khác, có thể yêu cầu bổ sung.

Trong trường hợp cơ quan thu sai không hợp tác, Anh/Chị có quyền khiếu nại theo Luật Quản lý thuế 2019 để yêu cầu chuyển khoản giữa các cơ quan thuế.

Các lưu ý khi thực hiện

Để tránh tái diễn, Anh/Chị nên cập nhật mã cơ quan thu đúng trên phần mềm kê khai thuế trước khi nộp lần sau, đồng thời kiểm tra thông báo từ Tổng cục Thuế về thay đổi quản lý địa bàn. Nếu số tiền nộp sai lớn, có thể phát sinh lãi chậm nộp nếu không tra soát kịp thời, với mức từ 0,03%/ngày trên dư nợ

Việc tuân thủ đúng quy trình tra soát giúp đảm bảo quyền lợi của người nộp thuế, tránh phạt hành chính )Luật Quản lý thuế 2019), đồng thời duy trì uy tín với cơ quan thuế. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.