Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Rủi ro pháp lý khi kê khai theo hóa đơn hiện tại

Trong trường hợp hộ kinh doanh chỉ kê khai chi phí đầu vào dựa trên hóa đơn hợp pháp (chiếm 60%), trong khi doanh thu thực tế cao hơn do phần hàng không hóa đơn (40%), sổ sách có thể thể hiện lỗ lũy kế hoặc bán dưới giá vốn. Theo Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có quyền ấn định thuế nếu phát hiện kê khai không trung thực, dẫn đến doanh thu bị điều chỉnh tăng hoặc chi phí bị loại trừ.

Xử lý chi phí đầu vào không có hóa đơn

Đối với phần hàng nhập từ đầu mối nhỏ không có hóa đơn (40%), theo luật Thuế GTGT 2024, chi phí này không được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào vì thiếu hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp. Tuy nhiên, hộ kinh doanh vẫn có thể ghi nhận chi phí hợp lý để tính lỗ lãi nếu thu thập chứng từ thay thế, tránh bị loại trừ toàn bộ khi quyết toán thuế. Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn rằng chứng từ thay thế bao gồm hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận hàng hóa, chứng từ thanh toán (chuyển khoản hoặc biên lai thu tiền), và giấy tờ chứng minh nguồn gốc hàng hóa (như giấy kiểm định chất lượng). Nếu không có chứng từ, chỉ được ghi nhận tối đa 30% chi phí thực tế làm cơ sở tính thuế thu nhập cá nhân theo phương pháp khoán (nếu áp dụng), giúp giảm rủi ro ấn định thuế do chi phí bị coi là "không hợp lý".

Xem thêm: Dạ cho em hỏi nếu hộ kinh doanh có phát sinh khoản thu nhập khác như bán thanh lý tài sản, ví dụ bán lại tủ lạnh, máy móc cũ, thì khoản này có cần xuất hóa đơn và kê khai riêng không ạ?

Bước 1: Thu thập chứng từ thay thế cho hàng không hóa đơn

Hộ kinh doanh cần yêu cầu nhà cung cấp cung cấp hợp đồng mua bán chi tiết, biên bản giao nhận hàng hóa ký tay hoặc điện tử, và chứng từ thanh toán (như sao kê ngân hàng nếu có). Các chứng từ này phải ghi rõ số lượng, giá trị, ngày tháng, giúp chứng minh chi phí thực tế khi cơ quan thuế kiểm tra. Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, chứng từ thay thế phải được lưu trữ đầy đủ ít nhất 10 năm để tránh bị loại trừ chi phí theo Thông tư 69/2025/TT-BTC.

Bước 2: Điều chỉnh sổ sách kế toán và kê khai bổ sung

Cập nhật sổ sách bằng cách ghi nhận chi phí không hóa đơn vào tài khoản chi phí sản xuất kinh doanh, kèm thuyết minh chứng từ thay thế. Sau đó, lập tờ khai bổ sung theo mẫu 01/GTGT (theo Luật Thuế GTGT 2024) để điều chỉnh thuế GTGT đầu vào (nếu đủ điều kiện khấu trừ một phần) và thuế thu nhập. Thời hạn bổ sung là trước khi cơ quan thuế thanh tra, tránh phạt chậm nộp 0,03%/ngày theo Luật Quản lý thuế 2019. Nếu doanh thu thực tế cao hơn, kê khai tăng để phản ánh lợi nhuận thực, giúp tránh cáo buộc bán dưới giá vốn.

Bước 3: Lưu trữ và báo cáo định kỳ

Lưu trữ toàn bộ chứng từ (hóa đơn hợp pháp và thay thế) theo quy định Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đồng thời báo cáo tình hình kinh doanh hàng quý hoặc năm cho cơ quan thuế địa phương. Nếu hộ kinh doanh áp dụng phương pháp kê khai, sử dụng phần mềm kế toán để theo dõi tỷ lệ hàng không hóa đơn, đảm bảo tổng chi phí không vượt quá 100% doanh thu để tránh nghi ngờ bất thường theo Thông tư 69/2025/TT-BTC.

Xem thêm: Bên mình có nhập hàng từ nước ngoài qua hình thức xách tay, không có chứng từ nhập khẩu, nhưng bán ra vẫn xuất hóa đơn đầy đủ, trong trường hợp này nếu cơ quan thuế kiểm tra nguồn gốc hàng hóa thì thường họ sẽ xử lý theo hướng nào?

Các biện pháp phòng ngừa ấn định thuế

Để tránh bị ấn định thuế theo Luật Quản lý thuế 2019, hộ kinh doanh nên chuyển dần sang nguồn cung cấp có hóa đơn đầy đủ, giảm tỷ lệ hàng không chứng từ xuống dưới 20%.

Đồng thời, định giá bán cạnh tranh dựa trên giá thị trường, ghi chép đầy đủ doanh thu qua hóa đơn bán hàng (bắt buộc theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Nếu phát hiện sai sót, chủ động tự kiểm tra và điều chỉnh trước thanh tra để giảm mức phạt xuống còn 10-20% số thuế sai theo Luật Quản lý thuế 2019.

Việc tuân thủ kê khai trung thực giúp hộ kinh doanh tránh rủi ro ấn định thuế, tối ưu hóa chi phí khấu trừ và duy trì uy tín với cơ quan thuế. Đồng thời, giảm tỷ lệ hàng không chứng từ sẽ hỗ trợ tăng khả năng vay vốn và mở rộng kinh doanh bền vững. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.