Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Thuế nhập khẩu đối với phần nguyên vật liệu dư thừa

Theo quy định tại Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu số 107/2016/QH13, nguyên vật liệu nhập khẩu theo loại hình gia công cho đối tác nước ngoài được miễn thuế nhập khẩu tạm thời trong thời hạn gia công. Tuy nhiên, nếu có phần dư thừa sau khi hoàn thành hợp đồng và được phép bán ra thị trường nội địa, doanh nghiệp phải kê khai và nộp bổ sung thuế nhập khẩu cho phần dư thừa này. Cụ thể, thuế suất áp dụng theo Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) hoặc các hiệp định thương mại tự do mà Việt Nam tham gia, tùy thuộc vào mã HS của hàng hóa. Việc không kê khai kịp thời có thể dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 128/2021/NĐ-CP, với mức phạt trên số tiền thuế chậm nộp.

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với phần dư thừa

Dựa trên Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, phần nguyên vật liệu dư thừa khi bán nội địa được coi là hàng hóa thông thường, phải kê khai và nộp thuế GTGT đầu ra với thuế suất 10% (hoặc 5% tùy loại hàng hóa, theo Phụ lục I Nghị định 44/2023/NĐ-CP). Đồng thời, doanh nghiệp có quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào đã được miễn trước đó cho phần tương ứng, nhưng phải điều chỉnh giảm số thuế khấu trừ theo quy định tại Điều 15 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14. Nếu bán dư thừa mà không kê khai, cơ quan thuế sẽ truy thu kèm phạt chậm nộp theo Luật Quản lý thuế 2019, và có thể phạt hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Xem thêm: Công ty em kinh doanh dịch vụ đào tạo online, học viên đóng tiền trọn gói 1 năm nhưng có chính sách hoàn tiền 30 ngày đầu, vậy doanh thu ghi nhận thời điểm thu tiền hay sau khi hết thời gian hoàn?

Quy trình kê khai bổ sung thuế

Việc kê khai bổ sung cần thực hiện đồng thời với cơ quan hải quan (cho thuế nhập khẩu) và cơ quan thuế địa phương (cho GTGT), theo hướng dẫn tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP. Quy trình được thực hiện như sau:

Bước 1: Xác định và định giá phần dư thừa

Doanh nghiệp kiểm kê phần nguyên vật liệu dư thừa sau khi hoàn thành hợp đồng gia công, lập biên bản kiểm kê kèm chứng từ nhập khẩu gốc. Giá tính thuế nhập khẩu là giá CIF tại cửa khẩu nhập đầu tiên, cộng các chi phí liên quan theo Điều 12 Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu 2016. Phần này phải được định giá chính xác để tránh tranh chấp sau này, thường dựa trên hóa đơn thương mại và hợp đồng gia công.

Bước 2: Nộp tờ khai bổ sung tại hải quan

Trong vòng 60 ngày kể từ ngày phát sinh dư thừa (hoặc theo thời hạn gia công theo hợp đồng), nộp Tờ khai hải quan bổ sung (mẫu HQ/2015-TS) tại Chi cục Hải quan nơi đăng ký loại hình gia công. Kèm theo là biên bản kiểm kê, hợp đồng gia công và chứng từ bán nội địa dự kiến. Sau khi hải quan thông quan, doanh nghiệp nộp thuế nhập khẩu vào ngân sách nhà nước qua tài khoản kho bạc.

Bước 3: Kê khai và nộp thuế GTGT tại cơ quan thuế

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em có giao dịch với công ty liên kết do người thân của giám đốc đứng tên, giá bán thấp hơn thị trường để hỗ trợ bán hàng, vậy có phải lập hồ sơ xác định giao dịch liên kết không?

Trong kỳ kê khai thuế GTGT tiếp theo (hàng tháng hoặc quý), điều chỉnh trên Tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT) theo Thông tư 80/2021/TT-BTC. Nộp kèm biên bản điều chỉnh khấu trừ và hóa đơn bán hàng nội địa. Nếu có sai sót, áp dụng quy trình khai bổ sung theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019, với thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp thuế.

Hồ sơ cần chuẩn bị

Để thực hiện kê khai bổ sung, doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu sau:

• Hợp đồng gia công với đối tác nước ngoài (bản sao công chứng).
• Chứng từ nhập khẩu nguyên vật liệu (tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại).
• Biên bản kiểm kê phần dư thừa và quyết định cho phép bán nội địa từ hải quan (nếu áp dụng).
• Hóa đơn bán hàng nội địa cho phần dư thừa.
• Tờ khai thuế bổ sung và biên bản điều chỉnh khấu trừ GTGT.

Tuân thủ các quy định trên giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu, phạt hành chính và đảm bảo hoạt động kinh doanh hợp pháp, đồng thời tối ưu hóa chi phí thuế thông qua khấu trừ hợp lý. Việc kê khai kịp thời còn hỗ trợ duy trì uy tín với đối tác và cơ quan nhà nước. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.