Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Quy định pháp lý về hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp bị thông báo bỏ trốn

Theo quy định tại Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ, hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp bị cơ quan thuế thông báo bỏ trốn (theo khoản 2 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019) không tự động bị loại trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào nếu doanh nghiệp chứng minh được giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ là thực tế và hợp pháp. Cụ thể, Luật Thuế GTGT 2024 (Điều 14) và Thông tư 69/2025/TT-BTC quy định rằng thuế GTGT đầu vào chỉ bị loại trừ khi hóa đơn được xác định là hóa đơn khống hoặc không có chứng cứ về giao dịch thực tế. Công văn 11797/BTC-TCT của Bộ Tài chính cũng hướng dẫn rằng, trong trường hợp nhà cung cấp bỏ trốn sau khi doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế năm trước, cơ quan thuế sẽ yêu cầu giải trình để kiểm tra tính hợp pháp, và không loại trừ toàn bộ nếu doanh nghiệp cung cấp đầy đủ hồ sơ chứng minh.

Điều kiện để không bị loại trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào

Doanh nghiệp sẽ không bị loại toàn bộ thuế GTGT đầu vào nếu đáp ứng các điều kiện sau, dựa trên Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 47) và Nghị định 123/2020/NĐ-CP (Điều 15):

• Giao dịch mua bán phải được chứng minh là thực tế, không phải hóa đơn khống.
• Doanh nghiệp đã kê khai, nộp thuế đầy đủ và không có hành vi thông đồng với nhà cung cấp bỏ trốn.
• Có chứng từ liên quan chứng minh việc nhận hàng hóa, dịch vụ và thanh toán (ví dụ: hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ ngân hàng).

Nếu không chứng minh được, cơ quan thuế có thể loại trừ toàn bộ số thuế GTGT đầu vào tương ứng với hóa đơn đó, dẫn đến truy thu thuế kèm phạt chậm nộp trên số thuế chậm nộp (theo Luật Quản lý thuế 2019), và có thể phạt vi phạm hành chính trên số thuế truy thu, cụ thể tùy mức độ (Luật Quản lý thuế 2019).

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em đang cân nhắc chia tách công ty thành 2 pháp nhân riêng biệt do khác lĩnh vực kinh doanh, vậy về mặt thuế và hóa đơn có cần quyết toán trước khi tách không?

Hồ sơ cần chuẩn bị để giải trình

Khi nhận yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ sau để chứng minh tính hợp pháp của giao dịch, theo hướng dẫn tại Thông tư 69/2025/TT-BTC và Công văn 11797/BTC-TCT:

• Hóa đơn GTGT gốc từ nhà cung cấp.
• Hợp đồng mua bán hàng hóa/dịch vụ và các phụ lục liên quan.
• Chứng từ vận chuyển, giao nhận hàng hóa (như biên bản kiểm kê, vận đơn).
• Chứng từ thanh toán (chuyển khoản ngân hàng, biên lai thu tiền).
• Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ bán ra có sử dụng đầu vào này (nếu áp dụng).
• Các tài liệu khác chứng minh doanh nghiệp không biết nhà cung cấp bỏ trốn tại thời điểm giao dịch.

Quy trình giải trình yêu cầu từ cơ quan thuế

Việc giải trình được thực hiện theo quy trình tại Luật Quản lý thuế 2019 (Điều 47) và Nghị định 123/2020/NĐ-CP, nhằm bảo vệ quyền lợi của doanh nghiệp. Quy trình bao gồm các bước sau:

Bước 1: Tiếp nhận và xác nhận yêu cầu giải trình

Cơ quan thuế gửi văn bản yêu cầu giải trình trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ khi phát hiện nhà cung cấp bỏ trốn (theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019). Doanh nghiệp cần xác nhận nhận văn bản và chuẩn bị hồ sơ ngay lập tức để tránh bị coi là không hợp tác, dẫn đến quyết định loại trừ tạm thời thuế đầu vào.

Xem thêm: Công ty em chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên công ty TNHH vào giữa năm, hàng tồn kho mang sang nhưng không đủ hóa đơn đầu vào, vậy khi bán ra có gặp rủi ro gì về thuế không?

Bước 2: Chuẩn bị và nộp hồ sơ giải trình

Doanh nghiệp tổng hợp hồ sơ theo danh sách trên và nộp cho cơ quan thuế trong thời hạn quy định (thường 10-30 ngày tùy văn bản yêu cầu). Hồ sơ phải được nộp trực tiếp hoặc qua hệ thống điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Trong giai đoạn này, cần kiểm tra tính đầy đủ của chứng từ để chứng minh giao dịch thực tế, tránh trường hợp bị loại trừ do thiếu sót.

Bước 3: Tham gia làm việc và bổ sung nếu cần

Cơ quan thuế sẽ tổ chức làm việc để xác minh (có thể kiểm tra thực tế tại doanh nghiệp). Nếu yêu cầu bổ sung, doanh nghiệp phải cung cấp trong 5-10 ngày. Quá trình này có thể kéo dài 30-60 ngày, và doanh nghiệp có quyền khiếu nại nếu không đồng ý với kết quả ban đầu theo Điều 101 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 4: Nhận quyết định và thực hiện

Cơ quan thuế ban hành quyết định chính thức về việc chấp nhận hoặc loại trừ thuế đầu vào. Nếu chấp nhận, doanh nghiệp tiếp tục khấu trừ; nếu loại trừ, có thể khiếu nại lên cấp trên hoặc tòa án trong 30 ngày. Việc tuân thủ quy trình giúp tránh phạt bổ sung do chậm trễ (Luật Quản lý thuế 2019).

Việc tuân thủ đúng quy định pháp luật không chỉ giúp doanh nghiệp tránh bị loại trừ thuế GTGT đầu vào mà còn giảm thiểu rủi ro truy thu, phạt hành chính và bảo vệ uy tín kinh doanh. Đồng thời, duy trì hệ thống chứng từ đầy đủ sẽ hỗ trợ kê khai thuế hiệu quả hơn trong tương lai. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.