Công ty em chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên công ty TNHH vào giữa năm, hàng tồn kho mang sang nhưng không đủ hóa đơn đầu vào, vậy khi bán ra có gặp rủi ro gì về thuế không?

Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Xử lý hàng tồn kho khi chuyển đổi từ hộ kinh doanh sang công ty TNHH

Khi hộ kinh doanh chuyển đổi thành công ty TNHH giữa năm, hàng tồn kho được coi là tài sản chuyển giao từ chủ hộ kinh doanh sang công ty, theo quy định tại Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp. Việc này không phát sinh nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp ngay lập tức nếu được thực hiện dưới hình thức góp vốn thành lập doanh nghiệp, nhưng cần lập biên bản bàn giao tài sản rõ ràng, ghi nhận giá trị tồn kho dựa trên giá vốn thực tế tại thời điểm chuyển đổi. Hộ kinh doanh trước đây thường không bắt buộc sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) theo Thông tư 69/2025/TT-BTC, nên tồn kho có thể thiếu chứng từ đầu vào đầy đủ. Công ty TNHH mới cần kê khai tồn kho này vào sổ sách kế toán ngay từ kỳ đầu tiên, với giá trị gốc từ hộ kinh doanh, để làm cơ sở hạch toán chi phí khi bán hàng sau này.

Xem thêm: Công ty em có ký hợp đồng gia công cho đối tác nước ngoài, nguyên vật liệu nhập khẩu miễn thuế theo loại hình gia công, sau đó có phần dư thừa bán nội địa, vậy có phải kê khai bổ sung thuế nhập khẩu và VAT không?

Yêu cầu chứng từ đối với hàng tồn kho chuyển giao

Để chứng minh nguồn gốc hợp pháp của hàng tồn kho, công ty cần chuẩn bị các chứng từ thay thế hóa đơn đầu vào theo Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024, bao gồm:

• Biên bản bàn giao tài sản từ hộ kinh doanh sang công ty TNHH, ký xác nhận bởi chủ hộ và đại diện công ty.
• Phiếu nhập kho nội bộ hoặc chứng từ kế toán ghi nhận giá trị tồn kho tại thời điểm chuyển đổi.
• Các chứng từ liên quan từ hộ kinh doanh như sổ sách kế toán, hợp đồng mua bán cũ (nếu có), hoặc bảng kê hàng hóa tồn kho cuối kỳ của hộ kinh doanh.

Nếu thiếu hóa đơn GTGT đầu vào gốc, phần thuế GTGT đầu vào cho tồn kho này sẽ không được khấu trừ khi kê khai thuế, theo quy định tại Điều 12 Luật Thuế GTGT 2024. Cơ quan thuế có thể chấp nhận chứng từ thay thế nếu chúng chứng minh được tính hợp pháp, nhưng phải nộp kèm theo tờ khai thuế để tránh tranh chấp sau này.

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em có phát sinh doanh thu tiền lãi gửi ngân hàng và chênh lệch tỷ giá ngoại tệ, vậy các khoản này có tính vào thu nhập chịu thuế TNDN không?

Rủi ro thuế khi bán hàng tồn kho thiếu hóa đơn đầu vào

Khi bán hàng tồn kho chuyển giao, công ty TNHH phải xuất hóa đơn GTGT theo Thông tư 69/2025/TT-BTC và kê khai doanh thu, thuế đầu ra bình thường. Tuy nhiên, rủi ro chính nằm ở việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: nếu không chứng minh được nguồn gốc bằng chứng từ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ loại trừ toàn bộ hoặc một phần giá trị tồn kho khỏi chi phí khấu trừ, dẫn đến phải nộp bổ sung thuế GTGT (thường 10% giá trị hàng hóa). Theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 168/2025/NĐ-CP, nếu bị kiểm tra và phát hiện sai sót, công ty có thể bị truy thu thuế kèm phạt hành chính trên số thuế truy thu, cụ thể mức phạt dao động tùy mức độ vi phạm. Ngoài ra, nếu hàng tồn kho bị nghi ngờ nguồn gốc không rõ ràng, có thể dẫn đến xử phạt bổ sung về quản lý hóa đơn theo Nghị định 168/2025/NĐ-CP, ảnh hưởng đến uy tín và dòng tiền của công ty.

Việc tuân thủ đầy đủ chứng từ và kê khai chính xác giúp doanh nghiệp tránh rủi ro truy thu thuế, tối ưu hóa khấu trừ GTGT và đảm bảo hoạt động kinh doanh ổn định. Đồng thời, điều này góp phần nâng cao tính minh bạch trong quản lý tài chính theo các quy định pháp luật hiện hành. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.