Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Cơ sở pháp lý liên quan

Theo quy định tại Nghị định 125/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn, các hành vi không xuất hóa đơn đầy đủ khi kinh doanh, đặc biệt là kinh doanh online với doanh thu lớn, được coi là vi phạm nghiêm trọng về quản lý hóa đơn và kê khai thuế. Dù bán chủ yếu cho cá nhân, doanh nghiệp vẫn bắt buộc phải lập hóa đơn điện tử cho mọi giao dịch theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 123/2020/NĐ-CP, trừ trường hợp cá nhân không yêu cầu. Việc không tuân thủ có thể dẫn đến kiểm tra từ cơ quan thuế địa phương.

Quy trình kiểm tra và xử lý của cơ quan thuế

Cơ quan thuế thường thực hiện kiểm tra đối với doanh nghiệp kinh doanh online có dấu hiệu doanh thu lớn nhưng hóa đơn không đầy đủ thông qua dữ liệu từ nền tảng thương mại điện tử, báo cáo ngân hàng hoặc khiếu nại từ người mua. Quy trình xử lý được tiến hành theo các bước sau, dựa trên Điều 111 đến Điều 116 Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 125/2020/NĐ-CP:

Bước 1: Thông báo và kiểm tra ban đầu

Xem thêm: Tôi đang kế toán cho một hộ kinh doanh nhỏ, nhưng chủ hộ không đồng ý cho kiểm kê kho định kỳ, cứ bảo ước lượng tồn là được. Giả sử sau này số liệu lệch quá nhiều thì trách nhiệm sẽ thuộc về ai đây?

Cơ quan thuế gửi thông báo kiểm tra đến doanh nghiệp trước ít nhất 3 ngày làm việc (trừ trường hợp kiểm tra đột xuất). Đoàn kiểm tra sẽ yêu cầu cung cấp sổ sách kế toán, dữ liệu giao dịch online, sao kê ngân hàng và hóa đơn đã xuất. Nếu phát hiện doanh thu không được kê khai đầy đủ (dựa trên dữ liệu từ các nền tảng như Shopee, Lazada hoặc chuyển khoản), họ sẽ lập biên bản vi phạm tạm thời. Quá trình này thường kéo dài 10-30 ngày, tập trung xác định số lượng giao dịch bán cho cá nhân không có hóa đơn.

Bước 2: Xác định vi phạm và truy thu

Dựa trên bằng chứng, cơ quan thuế tính toán doanh thu thực tế (sử dụng phương pháp ước tính nếu thiếu chứng từ) và truy thu số thuế giá trị gia tăng (GTGT) cùng thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) chưa kê khai. Ví dụ, nếu doanh thu từ bán hàng online đạt hàng trăm triệu đồng nhưng chỉ kê khai một phần, họ sẽ áp dụng hệ số điều chỉnh theo Thông tư 20/2026/TT-BTC. Đồng thời, tính phạt chậm nộp thuế với mức trên số tiền chậm nộp, theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019.

Bước 3: Áp dụng xử phạt hành chính

Sau khi xác nhận vi phạm, cơ quan thuế ban hành quyết định xử phạt theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Các mức phạt phổ biến bao gồm:

• Phạt hành chính đối với hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ.
• Phạt trên số thuế trốn tránh nếu chứng minh được cố ý không kê khai doanh thu.
• Nếu vi phạm nghiêm trọng (doanh thu lớn, lặp lại), có thể áp dụng hình thức bổ sung như đình chỉ kinh doanh từ 3-6 tháng hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra hình sự nếu số tiền trốn thuế từ 100.000.000 đồng trở lên (theo Bộ luật Hình sự 2015).

Doanh nghiệp có quyền khiếu nại quyết định trong vòng 10 ngày theo Điều 114 Luật Quản lý thuế 2019.

Xem thêm: Bên em có một case là khách trả lại hàng sau nhiều tháng, nếu điều chỉnh thì có cần quay lại kỳ cũ không ạ?

Bước 4: Thực thi và theo dõi

Quyết định xử lý được gửi đến doanh nghiệp để nộp phạt và thuế truy thu trong thời hạn quy định (thường 10-30 ngày). Cơ quan thuế sẽ theo dõi việc thực hiện qua hệ thống quản lý thuế điện tử (eTax). Nếu không chấp hành, áp dụng cưỡng chế thu hồi nợ thuế theo Điều 125 Luật Quản lý thuế 2019, bao gồm phong tỏa tài khoản ngân hàng hoặc kê biên tài sản.

Lưu ý để giảm thiểu rủi ro

Để tránh xử lý nghiêm khắc, doanh nghiệp nên bổ sung hóa đơn điện tử cho các giao dịch bán lẻ (sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử được Tổng cục Thuế công nhận) và kê khai doanh thu đầy đủ hàng quý. Việc bán chủ yếu cho cá nhân không miễn trừ nghĩa vụ xuất hóa đơn nếu khách yêu cầu, và cơ quan thuế ngày càng tăng cường phối hợp với các nền tảng online để phát hiện bất thường.

Việc tuân thủ đầy đủ quy định về hóa đơn và kê khai thuế giúp doanh nghiệp tránh các khoản phạt lớn, duy trì uy tín kinh doanh và dễ dàng tiếp cận vay vốn hoặc mở rộng. Đồng thời, giảm rủi ro pháp lý lâu dài trong môi trường kinh doanh số hóa. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.