Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện hoàn thuế GTGT và rủi ro liên quan

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 49/2024/QH15, doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT nếu số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết lớn hơn số thuế đầu ra phải nộp trong tháng hoặc quý, với các điều kiện cụ thể như: (i) số thuế chưa khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên; (ii) hàng hóa, dịch vụ thuộc diện hoàn thuế theo quy định (ví dụ: xuất khẩu, dự án đầu tư mới); hoặc (iii) các trường hợp khác do Chính phủ quy định. Trong trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu máy móc theo điều kiện CIF và đã nộp đầy đủ thuế nhập khẩu cùng VAT khâu nhập khẩu, số thuế đầu vào lớn có thể phát sinh nhu cầu hoàn thuế nếu bán hàng trong nước dẫn đến thuế đầu ra thấp hơn. Tuy nhiên, việc bán dưới giá nhập do biến động thị trường không tự động loại trừ quyền hoàn thuế, miễn là doanh nghiệp chứng minh được tính hợp lý của giao dịch.

Rủi ro bị đưa vào diện kiểm tra hoàn thuế

Xem thêm: Công ty em chuyển trụ sở sang tỉnh khác cuối năm 2025, nhưng chưa kịp chốt nghĩa vụ thuế tại cơ quan thuế cũ, sang năm 2026 mới phát sinh sai sót, vậy nộp hồ sơ điều chỉnh ở đâu?

Cơ quan thuế có thể đưa trường hợp của doanh nghiệp vào diện rủi ro cao về hoàn thuế nếu phát hiện dấu hiệu bất thường, chẳng hạn như giá bán nội địa thấp hơn đáng kể so với giá nhập khẩu, dẫn đến chênh lệch thuế đầu vào – đầu ra lớn. Theo Nghị định số 132/2020/NĐ-CP về quản lý thuế, cơ quan thuế áp dụng các tiêu chí rủi ro như giao dịch với giá không phù hợp với giá thị trường (Điều 5), hoặc số lượng hoàn thuế lớn so với quy mô doanh nghiệp. Trong tình huống này, doanh nghiệp có nguy cơ bị kiểm tra sau hoàn thuế (kiểm tra tại trụ sở hoặc quyết toán thuế) để xác minh tính chính xác của hóa đơn, chứng từ nhập khẩu và bán hàng. Nếu chứng minh được giá bán phản ánh đúng điều kiện thị trường giảm sút (qua hợp đồng, biên bản định giá độc lập hoặc dữ liệu thị trường), rủi ro sẽ được giảm thiểu, tránh việc bị từ chối hoàn thuế hoặc truy thu.

Nghi ngờ kê khai không trung thực và biện pháp phòng ngừa

Việc kê khai thuế GTGT không trung thực có thể bị nghi ngờ nếu giá bán được cho là thấp hơn giá thị trường nhằm tạo ra khoản lỗ giả tạo để hoàn thuế, vi phạm nguyên tắc giá thị trường tại Nghị định số 132/2020/NĐ-CP (Điều 6 quy định giá giao dịch phải tương đương giá độc lập giữa các bên không có quan hệ đặc biệt). Cơ quan thuế có quyền yêu cầu bổ sung chứng từ chứng minh giá bán hợp lý, như báo cáo thị trường, hợp đồng bán hàng và tài liệu chứng minh biến động giá máy móc nhập khẩu từ Trung Quốc. Để tránh nghi ngờ, doanh nghiệp nên:

Xem thêm: Doanh nghiệp bên em có khoản chi phí tiếp khách, hội nghị khách hàng rất lớn nhưng một số hóa đơn là hóa đơn bán lẻ siêu thị không ghi tên công ty, vậy có bị loại chi phí không?

• Lưu trữ đầy đủ chứng từ nhập khẩu (hóa đơn CIF, tờ khai hải quan) và bán hàng (hóa đơn GTGT, hợp đồng nội địa).
• Chuẩn bị tài liệu hỗ trợ như báo cáo phân tích thị trường hoặc ý kiến chuyên gia định giá để chứng minh giá bán dưới giá nhập là do yếu tố khách quan.
• Kê khai thuế đúng hạn và tự nguyện báo cáo nếu có biến động lớn về giá.

Nếu phát hiện kê khai sai, doanh nghiệp có thể bị phạt hành chính trên số thuế gian lận theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, với mức phạt cụ thể tùy mức độ.

Việc tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về kê khai và chứng minh giá thị trường giúp doanh nghiệp tránh rủi ro kiểm tra, đảm bảo quyền lợi hoàn thuế hợp pháp và duy trì uy tín với cơ quan thuế. Đồng thời, điều này hỗ trợ hoạt động kinh doanh ổn định trong bối cảnh thị trường biến động. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.