Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Về yêu cầu giải trình chênh lệch đầu vào và đầu ra trên tờ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) quý 3/2025

Yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế là một phần của quy trình kiểm tra hồ sơ thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2019. Việc nhận thông báo này không đồng nghĩa với việc công ty bạn đã vi phạm, mà chỉ là cơ quan thuế yêu cầu làm rõ sự chênh lệch giữa số thuế GTGT đầu vào (khấu trừ) và đầu ra (phải nộp) trên tờ khai quý 3/2025. Nếu chênh lệch phát sinh do lý do hợp lý (như điều chỉnh hóa đơn, hoàn thuế hoặc sai sót kỹ thuật), công ty có thể giải trình mà không bị phạt. Tuy nhiên, nếu sau khi kiểm tra, cơ quan thuế xác định có khai sai dẫn đến thiếu thuế, công ty có thể bị xử phạt vi phạm hành chính theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Cụ thể, mức phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế trên số tiền thuế thiếu. Ngoài ra, công ty còn phải nộp đủ số thuế thiếu kèm tiền chậm nộp (theo Luật Quản lý thuế 2019).

Xử lý khi phát hiện sai số tiền trên tờ khai

Xem thêm: Anh chị nhà mình đã có ai đăng ký được bảo hiểm cho chủ hộ kinh doanh trên dịch vụ công chưa ạ. Em được cấp mã bảo hiểm rồi nhưng lên dịch vụ công đăng ký không được, báo gửi mật khẩu về email mà không thấy có. Có ai bị như em không ạ, huhu.

Khi soát lại và phát hiện sai sót về số tiền thuế GTGT (ví dụ: kê khai sai hóa đơn đầu vào hoặc đầu ra), công ty cần chủ động điều chỉnh để tránh các hậu quả pháp lý nghiêm trọng hơn. Theo Điều 52 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có quyền tự điều chỉnh tờ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp tờ khai. Việc này giúp giảm mức phạt nếu khai sai được phát hiện sớm. Dưới đây là quy trình xử lý cụ thể:

Bước 1: Xác định và ghi nhận sai sót

Công ty cần rà soát lại toàn bộ chứng từ liên quan đến tờ khai quý 3/2025, bao gồm hóa đơn GTGT đầu vào/đầu ra, sổ sách kế toán và dữ liệu trên hệ thống iHTKK hoặc eTax. Ghi chép rõ ràng mức sai sót (ví dụ: thiếu khấu trừ 50.000.000 đồng do bỏ sót hóa đơn), đồng thời thu thập bằng chứng hỗ trợ như hợp đồng, biên bản đối chiếu với nhà cung cấp. Việc này đảm bảo tính chính xác khi giải trình, tránh tình trạng cơ quan thuế áp dụng mức phạt cao hơn (lên đến 100% số thuế trốn nếu chứng minh được cố ý).

Bước 2: Chuẩn bị và nộp giải trình cho cơ quan thuế

Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận thông báo (theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019), công ty soạn công văn giải trình gửi Chi cục Thuế quản lý, kèm theo:

• Bản sao tờ khai thuế GTGT quý 3/2025 gốc và phiên bản điều chỉnh (nếu áp dụng).
• Danh sách chứng từ chứng minh chênh lệch (hóa đơn, bảng kê).
• Giải thích chi tiết nguyên nhân sai sót và đề xuất điều chỉnh.

Xem thêm: Mong anh chị giúp em chỗ này với ạ. Công ty em có xưởng sản xuất nhưng chưa đưa vào sản xuất thì các chi phí như hệ thống camera, thuê đất, tiền xây dựng xưởng… mình vẫn phải phân bổ và khấu hao nhưng không được đưa vào chi phí hợp lý phải không ạ, em thấy chi phí này khá lớn nên nếu loại trên B4 trong nhiều tháng do chờ giấy phép chưa sản xuất thì thấy tiếc quá vậy có cách nào xử lý chỗ này không ạ. Và các chi phí như hệ thống cửa tự động (dưới 30 triệu) em thuê thi công riêng thì cái này mình nên tập hợp đưa vào tài sản cố định là nhà xưởng luôn hay mình coi như nó là công cụ dụng cụ rồi phân bổ riêng ạ?

Nếu sai sót dẫn đến phải nộp thêm thuế, công ty cần nộp ngay số tiền thiếu kèm tiền chậm nộp để được xem xét giảm phạt (theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

Bước 3: Theo dõi và hoàn tất điều chỉnh

Sau khi nộp giải trình, công ty theo dõi phản hồi từ cơ quan thuế qua cổng thông tin điện tử. Nếu được chấp thuận, thực hiện điều chỉnh tờ khai trên hệ thống eTax và cập nhật sổ sách kế toán. Trong trường hợp cơ quan thuế yêu cầu kiểm tra thêm, hợp tác đầy đủ để tránh phạt bổ sung (đối với hành vi không hợp tác theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Nếu sai sót lớn, nên tham khảo ý kiến chuyên gia để tránh rủi ro pháp lý.

Việc tuân thủ kịp thời các quy định thuế không chỉ giúp tránh phạt mà còn duy trì uy tín doanh nghiệp, đảm bảo dòng tiền ổn định và tránh các biện pháp cưỡng chế như phong tỏa tài khoản. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.