Dựa trên thông tin Anh/Chị cung cấp, Công ty dịch vụ kế toán ACC xin phép phân tích và đưa ra hướng dẫn cụ thể như sau.

Điều kiện đăng ký chuyển đổi từ phương pháp khấu trừ sang trực tiếp

Theo quy định tại Điều 10 Luật Thuế giá trị gia tăng số 49/2024/QH15, doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT có thể chuyển sang phương pháp trực tiếp nếu doanh thu của năm trước liền kề không vượt quá 50 tỷ đồng (đã bao gồm thuế GTGT). Trong trường hợp doanh thu năm 2025 của công ty giảm mạnh dưới mức ngưỡng này, công ty hoàn toàn đủ điều kiện để đăng ký chuyển đổi áp dụng từ đầu năm 2026. Nghị định số 181/2025/NĐ-CP (quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT) cũng xác nhận rằng việc chuyển đổi phải được thực hiện trước ngày 20/12 của năm trước năm áp dụng (tức trước 20/12/2025 đối với năm 2026), nhằm đảm bảo tính liên tục trong quản lý thuế. Nếu doanh thu năm 2025 vượt ngưỡng, công ty không được phép chuyển đổi và phải tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ, trừ trường hợp đặc biệt được cơ quan thuế chấp thuận theo quy định chuyển tiếp.

Quy trình đăng ký chuyển đổi

Việc đăng ký chuyển đổi được thực hiện theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC (hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế). Quy trình bao gồm các bước sau để đảm bảo hồ sơ được xử lý kịp thời:

Xem thêm: Công ty em chuyển đổi từ hộ kinh doanh lên công ty TNHH vào giữa năm, hàng tồn kho mang sang nhưng không đủ hóa đơn đầu vào, vậy khi bán ra có gặp rủi ro gì về thuế không?

Bước 1: Kiểm tra và xác định điều kiện

Công ty cần rà soát báo cáo tài chính năm 2025 để xác nhận doanh thu thực tế không vượt 50 tỷ đồng. Đồng thời, đánh giá tác động nội bộ như thay đổi cách hạch toán chi phí đầu vào không được khấu trừ. Bước này giúp tránh nộp hồ sơ không hợp lệ, dẫn đến từ chối hoặc yêu cầu bổ sung.

Bước 2: Chuẩn bị hồ sơ đăng ký

Hồ sơ bao gồm:

• Văn bản đề nghị thay đổi phương pháp tính thuế GTGT (theo mẫu 01/ĐK-TCT tại Phụ lục II Thông tư 80/2021/TT-BTC).
• Bản sao báo cáo tài chính năm 2025 đã được kiểm toán (nếu áp dụng) hoặc xác nhận doanh thu.
• Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và mã số thuế hiện hành.

Hồ sơ phải được lập thành 01 bộ gốc, ký điện tử nếu nộp online qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Xem thêm: Công ty em bị lỗi hệ thống nên tháng 8/2025 đã xuất thiếu 5 hóa đơn, đến tháng 11 mới phát hiện và xuất bổ sung, vậy có bị phạt xuất hóa đơn sai thời điểm và kê khai bổ sung không?

Bước 3: Nộp hồ sơ và theo dõi

Nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế quản lý hoặc qua hệ thống điện tử trước ngày 20/12/2025. Cơ quan thuế sẽ xử lý trong vòng 03 ngày làm việc và thông báo kết quả. Nếu được chấp thuận, phương pháp trực tiếp áp dụng từ 01/01/2026; nếu không, công ty có quyền khiếu nại theo Luật Quản lý thuế 2019.

Ảnh hưởng đến hóa đơn đã phát hành

Việc chuyển đổi không ảnh hưởng đến tính hợp pháp của hóa đơn GTGT đã phát hành trước thời điểm áp dụng phương pháp mới (từ 01/01/2026), theo Điều 15 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Các hóa đơn khấu trừ cũ vẫn được sử dụng để khấu trừ thuế đầu vào cho các kỳ tính thuế còn hiệu lực, và bên mua có quyền yêu cầu hoàn thuế nếu đủ điều kiện. Tuy nhiên, từ năm 2026, công ty chỉ phát hành hóa đơn theo phương pháp trực tiếp (không ghi giá trị gia tăng riêng), dẫn đến việc không khấu trừ được thuế đầu vào nữa. Doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ hóa đơn cũ ít nhất 10 năm để phục vụ kiểm tra thuế, tránh phạt hành chính nếu vi phạm theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Việc tuân thủ đúng quy định chuyển đổi giúp công ty tối ưu hóa nghĩa vụ thuế, tránh rủi ro phạt và đảm bảo hoạt động kinh doanh ổn định. Đồng thời, phương pháp trực tiếp có thể giảm gánh nặng hành chính cho doanh nghiệp nhỏ. Nếu cần hỗ trợ soạn thảo, nộp hồ sơ hoặc theo dõi tiến trình, hãy liên hệ Công ty dịch vụ kế toán ACC.